数码显微镜又叫视频显微镜，它是将显微镜看到的实物图像通过数模转换，使其成像在显微镜自带的屏幕上或计算机上，主要用于教学用途。
数码显微镜的主要好处在于：传统的光学显微镜只能供一人使用，要分享显微镜的影像很困难，而要拍摄显微镜内的影像，亦往往需要用到特别的仪器帮助。然而，数码显微镜由于可以与电脑接驳，使显微镜内的视像可以透过连接到课室的投影机播放，使课室内的学生可以一同观看影像，对课堂秩序的管理亦有帮助。
数码显微镜根据数据显示方式不同可分为两大类：
1.自带屏幕数码显微镜
2.采用计算机显示的数码显微镜。
自带屏幕数码显微镜，又可分为三类：
1.台式数码显微镜；
2.便携式数码显微镜；
3.无线数码显微镜；
台式数码显微镜的主要特点是放大倍率相对较高，可以与电子显微镜媲美；便携式数码显微镜追求的是随处可显微，讲究小巧，其现市场上代表性的是3R推出的MSA200视频显微镜；无线显微镜其应用的是2.4G无线传输，追求快捷方便。
采用计算机显示的数码显微镜通过显微镜内置的摄像机将显微镜看到的标本图像传输到计算机上，通过计算机上安装的显微图像分析软件进行追踪分析，从而获得一系列有价值的定性定量数据。主要用于微生物鉴定、细胞形态检查、尿液有形成份分析、纤细程度检测等方面。具有全自动扫描、图像分析功能强、拓展性强等诸多特点。
