岛津GC-MS被广泛应用于复杂组分的分离与鉴定，其具有GC的高分辨率和质谱的高灵敏度，是生物样品中药物与代谢物定性定量的有效工具。
岛津GC-MS主要由以下部分组成：色谱部分、气质接口、质谱仪部分
一、色谱部分
色谱部分和一般的色谱仪基本相同，包括柱箱、气化室和载气系统。除特殊需要，多数不再装检测器，而是将MS作为检测器。此外，在色谱部分还带有分流／不分流进样系统，程序升温系统，压力、流量自动控制系统等。色谱部分的主要作用是分离，混合物样品在合适的色谱条件下被分离成单个组分，然后进入质谱仪进行鉴定。色谱仪是在常压下工作，而质谱仪需要高真空，因此，如果色谱仪使用填充柱，必须经过一种接口装置-分子分离器，将色谱载气去除，使样品气进入质谱仪。如果色谱仪使用毛细管柱，因为毛细管中载气流量比填充柱小得多，不会破坏质谱仪真空，可以将毛细管直接插入质谱仪离子源。
二、气质接口
气质接口是GC到MS的连接部件。常见的连接方式是直接连接法，毛细管色谱柱直接导入质谱仪，使用石墨垫圈密封，接口必须加热，防止分离的组分冷凝，接口温度设置一般为气相色谱程序升温较高值。
三、质谱仪部分
质谱仪既是一种通用型的检测器，又是有选择性的检测器。它是在离子源部分将样品分子电离，形成离子和碎片离子，再通过质量分析器按照质荷比的不同进行分离，在检测器部分产生信号，并放大、记录得到质谱图。
