荧光定量PCR仪的关键参数和重要特性 在选购荧光定量PCR仪时，几个关键参数要注意：
1.仪器的检测通量（Throughput）
首先要考虑实验室目前需要使用定量PCR仪的频率。加州大学旧金山分校癌症中心的基因组分析设备负责人David Ginzinger检测过市面上绝大多数的定量PCR仪。他表示，如果不是大规模批量使用，比如说主要是用来检测验已知基因，那确实不需要昂贵的端产品。但是如果是那些需要寻找新药靶点和疾病标记的实验室，就需要能容纳384孔板、运行时间更快的仪器。不过仅有这么一件高通量的仪器是不够快的，你会发现样品制备成为限速的瓶颈。所以高通量的实验室往往需要进一步的自动化仪器，只要“按一下钮”，仪器就会自动处理样品、纯化核酸和制备PCR模板。
2.多重扩增的能力
多重扩增越来越热。实时定量PCR仪也不能幸免。端定量PCR仪拥有多个检测通道，因而仪器就可以检测同一个样品槽里多个模板的扩增过程。新的LightCycler2.0 有6个检测通道，比原来多了3个。SmartCyclerⅡ有4个检测通道。以文库产品而名满天下的Stratagene也有一种价格不到Roche的一半、口碑不错的定量PCR仪Mx3000P，也就是4个检测通道。不过多重扩增并非人人适用，因为它使实验复杂化了。
3．软件
当你准备选择一台定量PCR仪，你必须要检测附带的软件。使用方便吗，是否可以进行你所需要的分析，输出格式有几种。不过，你需要留意，太容易使用的软件是不是功能比较简单而无法进行复杂计算，以前的软件还需要你做进一步分析，新的软件已经可以处理一切了。除了基本功能，部分软件还可以有更多的功能，比如引物和探针设计、多重分析设计、背景校正、数据归一化等等。Roche应用科学部的应用和技术服务部负责人Willian Demyan 就强调：定量PCR是一个几何扩增的过程，开始时一个拷贝之差，结果就有几何数量级之别。
4.灵活性
大规模繁忙的实验室设备*固然令人羡慕，常规的实验室同样可以有精彩的选择。现在的供应商都拥有众多的技术专家，不单了解你的目前需要，还非常周到地为你考虑了以后可能的需求变化，比如提供多种可升级配件和模块。BioRad的MyCycler就可以选择模块而升级为实时定量。ABI的定量PCR仪有多种不同的样品槽，可以将96孔槽变为双384孔槽而满足部分高通量的需求。对于刚开始小量做qPCR的实验室来说，SmartCyclerⅡ定量PCR仪是一个好选择，一个基本模块有16个独立控温样品槽，可以同时或者前后分别进行16个*独立的不同实验， “随机存取”；当实验室需要较大规模实验时，可以非常经济地升级，从1个增加到6个基本模块，也就是96样品孔。虽然不能用96孔板，但是当一个学生开始小量实验，其他人还可以随时插进去开始自己的独立实验，而且互不干扰，就是增加了灵活性。对于刚开始只做少量实验而且预算较紧张的实验室来说是非常灵活的选择。
5.不确定性
尽管软件可以做部分修正，购买一台系统误差较少的仪器，无需那么多计算修正总比靠计算修正好。Cinzinger 就认为，要特别注意仪器样品孔之间的差异性。除了*的样品孔之间的温度差异，还有样品孔和检测探头之间光程距离、负责收发和传递信号的光纤长度的微小差别、透镜和样品孔间的距离和角度的微小差别、甚至样品槽对信号传递的影响。Cinzinger在绝大多数的市售的定量PCR仪做过同样的测试，他将同样的样品和反应试剂在仪器的每一孔进行实时扩增。很不幸，很多时候，不同样品孔之间会有不同的结果。
6.试剂盒的选择
尽管销售人员会吹嘘有出色质量控制的试剂盒和解决方案就会得到一至的结果，但购买现成的试剂盒并不是解决差异性的办法。认真的评估实验和分析实验才是解决之道。
