我们知道，循环水养殖环境中，由于养殖密度过大并持续投料，水中的有机物会快速积累。有机物在细菌的作用下逐级分解。氨、亚硝酸盐、硝酸盐等可溶性物质浓度快速上升。其中，氨及亚硝酸盐会抑制水生动物的呼吸，造成鳃部发红、游塘、偷死等症状。不及时得到解决，往往会造成鱼虾的大量死亡。因此，不管是外塘还是室内循环水养殖，无机氮元素的去除都是一个重要的环节。
工厂化循环水养殖中，如果水源充足，可以加大换水量来稀释氨氮及亚硝酸盐的浓度。但既然是室内循环水养殖，就存在着反季节生产或水源紧缺等客观限制。如果换水量过大，则对水体加热或制冷的成本会升高。同时，大量换水会导致鱼虾的应激反应，进而造成鱼虾生病。为了防止以上情况发生，我们应着重通过生物过滤的办法来去除氨氮和亚硝酸盐。我们在一些文章中已经探讨过水体中的氮循环。有机氮主要是以蛋白质、肽、氨基酸等形式存在。这些物质都是鱼虾生长所必需的能量物质。在经鱼虾的消化吸收后，变为氨和亚硝酸盐。另外，水体中会有多投的饵料、死亡的藻类、菌类等等。这些有机物需要在微生物的作用下进行转化分解。担当这一使命的，往往就是乳酸菌、芽孢杆菌、枯草杆菌等分解细菌。此时，水质会发生微妙的变化。因为水中有机酸增多，水体的PH值下降。
进一步地，当水体中的氨等物质越来越多的时候，由于氨水解后呈现碱性，所以水体的PH值会逐步上升。当氨浓度上升以后，水中的亚硝化细菌与硝化细菌将参与进来。会将氨与亚硝酸盐分解成对鱼虾***的硝酸盐。硝酸盐易被藻类或植物吸收。这样如果养殖池中有合适的藻种，则在其它环境变量的支持下，水中的藻类开始大量繁殖。开始新一轮的循环。
