在生产中，造成无菌动物隔离器污染的原因多样，每一次可以与外界接通的操作都是一次威胁，开启隔离器的操作不规范、传递的物资消灭不*、隔离器的破损、过滤器的失效等都会导致隔离器内的无菌状态被破坏。污染菌的大致分布特点表现为霉菌多见于潮湿温和的季节，抗逆性强的芽孢杆菌多见于灭菌不*，球菌等污染则多见于隔离器的破损。
在使用无菌动物隔离器时，放置在隔离器中的所有耗材都必须是无菌的。对于可用高温高压湿热灭菌法灭菌的物品可通过利用灭菌缸与隔离器对接的方式传入。灭菌缸在组装时，需要使用多层滤膜包裹可透气的侧面，传入物资后则需要用聚酯薄膜密封住顶部开口。生产过程中，需要有经验丰富且训练有素的人员对动物和设备进行仔细的评估，有序安排工作以减少打开隔离器的次数，及时发现和更换易老化的组件等，尽可能减少污染可能性。
