(1)样品管理
除用于现场测定的样品外，大部分水样都需要运回实验室进行分析。在水样的运输和实验室管理过程中应保证其性质稳定、完整、不受沾污、损坏和丢失。
现场测试样品，应严格记录现场检测结果并妥善保管。
实验室测试样品，应认真填写采样记录或标签，并粘贴在采样容器上，注明水样编号、采样者、日期、时间及地点等相关信息。在采样时还应记录所有野外调查及采样情况，包括采样目的、采样地点、样品种类、编号、数量，样品保存方法及采样的气候条件等。
(2)样品运输
水样采集后应立即送回实验室，根据采样点的地理位置和各项项目的最长可保存时间选用适当的运输方式，在现场采样工作开始之前就应安排好运输工作，以防延误。
样品装运前应逐一与样品登记表、样品标签和采样记录进行核对，核对无误后分类装箱。
塑料容器要塞进内塞，拧紧外盖，贴好密封带，玻璃瓶要塞紧磨口塞，并用细绳将瓶塞与瓶颈拴紧，或用封口胶、石蜡封口。待测油类的水样不能用石蜡封口。
需要冷藏的样品，应配备专门的隔热容器，并放入制冷剂。
冬季应采取保温措施，以防样品瓶冻裂。
为防止样品在运输过程中因震动、碰撞而导致损失或沾污，最好将样品装箱运输。装运用的箱和盖都需要用泡沫塑料或瓦楞纸板作衬里或隔板，并使箱盖适度压住样品瓶。
样品箱应有“切勿倒置”和“易碎物品”的明显标示。
