色谱柱在使用前，最好进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。在做柱性能测试时要按照色谱柱出厂报告中的条件进行，只有这样，测得的结果才有可比性。但要注意：柱性能可能由于所使用的样品、流动相、柱温等条件的差异而有所不同。
样品的前处理过程：
(1) 最好使用流动相溶解样品。
(2) 使用预处理柱除去样品中的强极性或与柱填料产生不可逆吸附的杂质。
(3) 使用0.45μm或0.22μm的过滤膜过滤除去微粒杂质。
实际使用中，液相色谱柱有可能会失效，常见的原因有：
1、色谱柱装填不良
装填不良的色谱柱，在短时间应用后，填充床的压缩通常使柱头处产生塌陷，导致柱效突然降低。液相色谱仪色谱柱的初始评价指标，如塔板数、不对称因子等往往不能很好地表征色谱柱床层的稳定性，这种情绪只能在实际应用中发现。
2、压力因素
液相色谱仪色谱柱使用过程中的骤然压力波动、机械撞击或温度骤然变化都会对色谱柱床层产生影响，导致峰形变差和柱效降低。进样过程中，进样阀转动太慢可引起压力波动，使色谱柱床产生裂隙，在柱切换时也存在同样的问题。使用填充良好的色谱柱，在较低柱压下操作，可大大减少由压力波动造成的色谱柱损坏。
