安捷伦气相色谱仪色谱柱上如果有高分子不挥发性物质残留，那么在程序升温时就容易产生基线漂移，因为这些物质的保留较强，在柱中移动缓慢，可以采用重新老化的方法将这种强保留组分从柱子上赶出，但这种方法增加了固定液氧化的可能性。
此外，还可以使用溶剂冲洗气相色谱仪色谱柱(冲洗之前请阅读柱子的使用注意事项,以便选出合适的溶剂)；也可以安装保护柱，这样可以预防问题发生。
如果是安捷伦气相色谱仪进样器被污染造成基线漂移，可以通过更换进样垫、衬管和密封圈来解决，同时用溶剂冲洗进样口，维护完毕之后，用一段熔融石英管将气相色谱仪进样器和检测器连接起来，进一针空样，以确认进样器已经干净。
安捷伦气相色谱仪分析室的要求如下：
(1)分析室周围不得有强磁场，易燃及强腐蚀性气体。
(2)室内环境温度应在5~35度范围内，湿度小于等于85%(相对湿度)，且室内应保持空气流通。有条件的厂好安装空调。
(3)准备好能承受整套仪器，宽高适中，便于操作的工作平台。一般工厂以水泥平台较佳(高0.6~0.8米)，平台不能紧靠墙，应离墙0.5~1.0米，便于接线及检修用。
(4)供仪器使用的动力线路容量应在10KVA左右，而且仪器使用电源应尽可能不与大功率耗电量设备或经常大幅度变化的用电设备公用一条线。电源必须接地良好，一般在潮湿地面(或食盐溶液灌注)钉入长约0.5~1.0米的铁棒(丝)，然后将电源接地点与之相连，总之要求接地电阻小于1欧姆即可。(注：建议电源和外壳都接地，这样效果更好)。
安捷伦气相色谱仪开箱后，按资料袋内附件清单，进行逐项清点，并将易损零件的备件予以妥善保存。然后按照仪器的使用说明书上要求，将其放置于工作平台上，并对着接线图和各插头，插座将仪器各部分连接起来，后连接记录仪和数据处理机。注意各接头不要接错。
