卫生部制定了医院医疗废物处理规定，需要进行分类。
(1)实验室培养基、病原菌种子保藏液等高危废弃物经实验室压力蒸汽灭菌后，按其他传染性废弃物处理。
(2)传染病病人(如肺结核病人)的痰、痰标本、经检验部门检验后污染的废物，以及各部门病人的排水液、胸腔、腹水等，由发电部门收集，用于防止泄漏的专用桶中。送至化痰室，高温沸腾30分钟或混合2000毫克/升含氯消毒剂30分钟，污水排入医院污水处理系统。
(3)放射性液体废物：产生后，通过特殊管道排入单独的污水池，降解后再排入医院污水处理系统。
(4)化学废物：生产放射科的发展方案，并将其排放到医院污水处理系统中。生产固定液后，使用专用防渗桶，并提交回收公司处理。实验室、病理学、化学试剂、排入医院污水处理的废液。
(5)废水：医疗生活污水由污水系统进入医院污水处理站。在处理站，根据国家要求，按照国家规定认证的设备和制剂用于沉淀和去污处理，然后排放。废水通常用二氧化氯处理。
全自动医院污水处理设备处理标准
医院污水处理不达标一直是危害环境的重要因素。经过有关部门长期调查研究显现医院污水处理不*主要有下列因素。
1.分类废水所使用药剂为了减低成本都是有很强针对性。从而造成各分类废水处理良好，综合水还是处理不达标。
2.为水质清澈和降低成本使用大量石灰。但是却产生大量污泥，往往废水处理成本中30%---40%是处理污泥所产生。
3.来水PH值变化大，反应池PH控制不稳定。PH不稳定造成沉淀池浑浊。出水水质也跟着不稳定，时好时坏。
4.水处理人员责任心不强，操作不够细心，不注重细节。比如：来水有问题，不及时停机进行应急处理。各种仪表、探头不经常校正清洗。配制药品浓度不按工艺要求配制，为了省事，私自把浓度提高。
5.表面处理行业的产品进行表面处理前，必须先经过大量的前处理，这其中使用的除油粉里含有乳化剂，而大量的乳化剂不但影响COD的含量，而且影响沉淀池的矾花絮凝，成泥不理想，致使沉淀不好，大量悬浮物跟随上层清水流出沉淀池，在PH回调的时候重新溶解进水里，结果造成排放口重金属离子超标。
