液相色谱法：适于溶解后可制成溶液的样品或有机介质溶液，不受样品的挥发性和热稳定性的限制，百分之七十以上的有机化合物可用液相色谱分析，特别是高沸点、大分子、挥发性差、强极性、热稳定性差化合物的分离分析，显示出优势。
气相色谱法:适应易蒸汽化、热稳定性好、沸点低的样品分析。但是，不适应高沸点、挥发性差、热稳定性差、离子型和高聚物的样品分析的色谱法的缺点主要是未知物的分析难以定性，如果没有已知的纯样品和已知的纯样品的色谱图，很难判断某个色谱峰代表什么。
气相色谱仪可直接分离的样品挥发，热稳定，沸点一般不超过500℃。据相关资料统计，目前已知的化合物有20%~25%可用气相色谱仪直接分析，其馀原则可用液相色谱仪分析。也就是说，气相色谱仪的分析对象不多。需要指出的是，虽然有些样品不能通过气相色谱直接分析，但通过顶空样品和裂解样品等特殊样品技术，也可以通过气相色谱间接分析。例如，高分子材料的裂解色谱是这样的。这在一定程度上扩大了气相色谱分析对象的范围。另外，气相色谱法比液相色谱更适合气体分析。
气相色谱法具有分离能力好、灵敏度高、分析速度快、操作方便等优点，但受技术条件的
限制，沸点过高的物质和热稳定性差的物质难以应用气相色谱法进行分析。一般500℃以下不易挥发或受热易分解的物质部分可采用衍生化学法或分解法。液相色谱法，只要求试样能制成溶液，而不需要气化，因此不受试样挥发性的限制。高沸点、热稳定性差、相对分子量大(超过400)的有机物(部分物质几乎占有机物总数的75%~80%)原则上可以用液相色谱分离、分析。据统计，在已知的化合物中，气相色谱能够分析约20%，而液相色谱能够分析约70~80%。
