目前粮食污染主要有真菌污染、农药污染以及重金属污染：
1.真菌毒素污染。真菌广泛存在于自然界中，如果粮食保存不善会生霉菌。同时粮食在生长过程中也可能因为梅雨天、虫害等原因，产生多种霉菌病害。这些因素都会引起真菌毒素感染超标。
2.农药污染。随着高效、低毒、低残留农药的研制和一些高毒高残留农药禁止使用，农药在粮食中的残留问题也将得到改善，但由于有机氯类农药的特点，今后一段时间内这类农药的污染问题仍不可忽视。粮食在种植期间为了抑制虫害，增加产量，不免会运用到农药，但是很多个体农户不了解农药的使用标准、禁用范围、用药休药期这些知识，就会出现乱用药、超量用药、重复用药这些现象，随之而来的就是农药残留的超标。
3.重金属污染。矿产冶炼加工、化工、电镀、电池、以及塑料等行业所排放的重金属是造成土壤重金属污染，同时煤炭燃烧时向空气中排放大量的有害气体，这些气体经过沉降就会进入到土壤中，对土壤造成污染。还有化肥和农药中含有较多的重金属元素，而土壤自身的环境容量又相对较低，长期使用会积累超标含量的重金属，进而使农产品受到污染，一旦食用就会对人体造成伤害。
随着环保意识的提高及对环境污染的控制，重金属污染问题虽然得到逐步改善，但在短时间内使粮食中的重金属污染降至先进水平，还需进一步努力。
