该方法检验原理是：
微生物中分子量在2000-20000Da范围内的核糖体蛋白质，其表达基本不受培养基、培养条件、灭活方式以及生长周期等的影响，属于保守表达的蛋白质，不同种的微生物（甚至亚种）其保守蛋白会有差异，因此每种微生物有其*的蛋白质指纹图谱（PMF）；通过MALDI-TOF测得的微生物蛋白质指纹图谱，再与标准库里的指纹图谱进行匹配、对比，从而完成对微生物快速的鉴定。
除了微生物鉴定外，MALDI-TOF技术还可应用于多种领域，范围极广：
1、可疑菌溯源性分析：在检测出未知菌时，可自建菌库，保留菌株图谱信息，有助日后可疑菌的溯源分析。
2、肿瘤筛查中的运用：利用弱阳离子磁珠联合MALDI-TOF-MS分析肿瘤患者和健康对照血清蛋白质表达谱，鉴定差异表达蛋白，建立疾病诊断模型，探索该疾病的发病机制。
3、细菌耐药性分析：MALDI-TOF MS检测细菌耐药性的方法主要分为 3 类: 检测耐药菌株的特征性质谱峰、细菌酶活性作用下抗菌药物的改变和抗菌药物存在下细菌生长情况。
