全自动显微镜操作菜单和所采集的图像及显微镜功能控制同界面，即由软件控制自动调焦、自动物镜切换、自动功能转换(明场、暗场、偏光、微分干涉相衬等观察方法)、自动扫描载物台、自动调光、自动采集图像等。实现多个特征位置记忆，操作者可精确地对前几次或几十次的位置快速定位，可实现多视野的拼接和观察，再根据实际需要灵活进行图象处理分析等。脱机可电动、手动操作。计算机通过软件自动控制显微镜动作的全自动系统，操作菜单和所采集的图象及显微镜功能控制同界面，即由软件控制自动调焦、自动物镜切换、自动功能转换(明场、暗场、偏光、微分干涉相衬等观察方法)、自动扫描载物台、自动调光、自动采集图像等。实现多个特征位置记忆，操作者可精确地对前几次或几十次的位置快速定位可实现多视野的拼接和观察，再根据实际需要灵活进行图象处理分析等。
全自动显微镜广泛应用于工业检测、刑侦、生物科学、文物鉴定、艺术品移动备案等诸多方面，下面进行具体举例分析：
(1)工部件的全自动探伤：在工业检测现场，运用显微镜，通过设置，可对被检测的工部件的全体和局部进行分别检测，在电脑、高清电视等实时显示探伤等微观效果，在工部件研发、生产、质检、售后等各部门得到广泛应用，大大提高工业检测质量和工作效率。
(2)刑侦物证全自动探寻：显微镜技术在刑侦中也得到普遍应用，将经过处理的纹痕、微小物证等运用显微镜，通过自动对焦，免去传统显微镜繁琐的操作过程，使工作人员可迅速的检测出探寻的效果。
(3)生物生长全自动记录：在科研单位、大学院校等生物研究单位，许多时候需要对观察的生物的生长进行全程记录，如果是运用传统的生物显微镜的话，需要定时对所观察的动、植物进行观察、拍照记录，而动、植物的生长又是个缓慢过程，研究人员很难做到规律、准确的记录过程，而运用显微镜，通过具体的定时设置，即可全自动抓拍每个时间段的动、植物生长过程，大大节省了研究人员的精力和时间。
(4)文物鉴证全自动扫描：当前，我国收藏行业正积极推动艺术品鉴证质量溯源建设，是有效解决艺术品鉴定市场存在的“鉴定无标准、检测无规则、执业无资质”等乱象的重要举措。而在艺术品鉴证环节，其中一个重要的步骤就是对需要备案的文物艺术品进行全影像、局部采点取证，运用显微镜可对需备案的文物艺术品进行自动、全覆盖微观扫描、取证，成为艺术品鉴证质量溯源建设必要工具。
