奥林巴斯显微镜为了使用时不那么容易出现故障我们就必须做好清洁工作，在奥林巴斯显微镜主要的就是清洁了如果你能够排除照明不均匀或光阑设置不正确等错误的显微镜设置，接下来便是检查样品。如果样品没问题，检查样品载玻片和盖玻片，必要时予以清洁。如果你仍然无法查明质量降低的原因，而且所用的浸镜油正确无误，那么问题可能是显微镜本身存在污染物。奥林巴斯显微镜等精密光学器件的清洁有可能降低器件的性能，不适当或不必要的清洁容易破坏器件的表面镀膜。正确取放器件并将器件保存在专用容器中，将*大限度地减少清洁次数和器件被损坏的可能。
奥林巴斯显微镜的一些组件，如滤色块和内部光学元件，应由奥林巴斯显微镜生产商的专家负责清洁，用户切勿碰触。其他容易变脏的组件可由用户小心清洁，这些组件包括：
1)物镜前透镜
2)保护相机传感器的玻璃罩，可能还有传感器自身表面
3)聚光透镜
4)目镜透镜
5)所有其他可以自由接触的玻璃表面
推荐奥林巴斯显微镜清洁步骤：
1、用清洁空气吹掉表面浮尘。如果不能吹干净，取两张镜头纸裹在棉签上或将镜头纸折叠使之比要清洁的面积稍大。
2、擦拭光学零件表面时，首先应用石油醚将毛砂面和框擦干净。
3、擦拭圆形零件时，棉花球应从中心向边缘作螺旋线移动，同时棉花球本身也应转动，并顺势将棉球从镜片表面移出，不要在奥林巴斯显微镜镜片边缘停留，以免留下印迹，如果利用回转器擦拭，则擦拭时，棉球应由中心向边缘作直线移动，棉球本身同时转动(棉球的自转量应略小于一周为宜)。
4、擦拭棱镜时，可将棉球横放于奥林巴斯显微镜被擦拭的表面，以直线形式进行擦拭。
5、应在相对清洁的房间内擦拭，并用脱脂长绒棉擦拭，棉球上所含的清洗液不宜过多，擦拭奥林巴斯显微镜时应在分划板刻线的交叉方向移动擦拭，以免将刻线内的填料层擦掉.
