赛默飞离子阱质谱的主要特点：
1、非线性谐振离子阱，将扫描范围，分辨率及扫描速度三个质谱参数地组合起来。另外，其相锁定技术可以精确地控制具有离子的喷射时间，从而保证了每次扫描的重现性。
2、标准扫描速度最快，可以采集更多的数据点。
3、交叉直角喷雾离子源及*的反吹干燥气设计可以大大提高信噪比，大大降低毛细管被污染甚至被堵塞的几率，无需进行喷雾针的X，Y，Z的位置优化。
4、优先价态选择：对于多价离子，此功能可以根据预先设定，优先选择某一价态的离子进行自动多级质谱分析，对于多肽的测序非常有用。
5、优先离子列表：保证目标离子优先进行MS/MS分析。此功能主要应用于在复杂基质中自动在线追踪目标化合物。
6、智能碰撞诱导解离功能，优于传统的能量归一化功能，利用此功能可以得到重复性高的质谱图。
7、多肽混合扫描模式。
赛默飞离子阱质谱的部分功能介绍：
扫描功能：具有全扫描Scan、选择离子扫描SIS、选择反应监测SRM、多反应监测MRM等扫描模式，各种扫描模式可自动交替进行；EI，CI可自动切换。
全扫描：得到全扫描谱图，可迅速鉴别未知化合物；灵敏度高于单级四极杆。
选择离子扫描：可以选择单个离子或一段离子储存；比单级四极杆的SIM具有更好的可操作性。
选择性离子排除：可以选择性地排除基质带来的干扰离子。
选择反应监测：用于GC-MS/MS定量分析实验，并能大大提高检测极限；
多反应监测：同时检测多个化合物的母离子和子离子。
多级质谱分析：可用于有机合成未知物的结构解释；通过不同阶段的离子丢失判断官能团情况。
离子源：EI内源、外源可选；PCI、NCI可选。可进行EI/CI自动切换。
脉冲离子化模式：根据样品浓度发射电流，有效减少离子源的污染，大大的增加灯丝寿命。CI气体电子流量控制。
具有PNHCI功能：外源CI模式，可做正、负、混合化学源。具有世界上*的液体化学源配置。
离子阱质量分析器：全惰性离子阱，适合高活性化合物的分析；灵敏度高；易于维护。
