琼脂糖是一种白色或黄色珠状凝胶颗粒或粉末，为线性的多聚物，基本结构是1,3连结的β-D-半乳糖和1,4连结的3,6-内醚-L-半乳糖交替连接起来的长链。
因其有特殊的胶凝性质，尤其有明显的稳固性、滞度和滞后性，并且易吸收水分，有特殊的稳定效应；已经广泛使用于食用、医药、化工、纺织、国防等领域，据不*统计，琼脂的用途已有1000多种。
琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶，这是它具有多种用途的主要特征和基础。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示。强度越高，凝胶性能越好。
质量较好的琼脂强度通常在1200克/cm2以上（1%胶浓度）。琼脂的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏。琼脂具有亲水性，并几乎*不存在带电基团，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附，是理想的惰性载体。
在琼脂制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团，就会造成电内渗（EEO），电内渗对质点的移动产生影响。
质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下，电内渗比较小，通常在0.13以下。这也就是琼脂糖比琼脂贵那么多的原因了。
