由于实验室气路管道特气系统是一种具有高风险的供应系统，因此在生产线现场的维护需要专业、有经验的技术员完成。特气系统的维护主要包含特气柜维护和管路维护。
特气柜又分为全自动特气柜与半自动特气柜，每种气柜的维护方法有一定的区别。全自动气柜维护自动化程度较高，并且安全可靠。在维护前关闭钢瓶阀门，设置换瓶吹扫，程序自动进行抽气，置换等动作，根据气体性质的不同，一般至少吹扫60次以上，负压保压30分钟以上，确保气柜各管路与阀门吹扫干净。
管路的维护，由于不同的气体性质不一样，对管路维护的方法也不相同，对腐蚀性气体的管道需要多次用高纯氮气吹扫(N2purge)，一般至少反复30次，对于有吸附性的液态源气体，由于管路容易堵塞，需要多次的反复的抽真空，抽完后关闭阀门，1小时后会出现压力表回表的现象，会造成管道泄漏的误导，遇到此情况打开真空器发生器继续抽，直到没有吸附气体释放为止。
以上两种系统维护后都必须做正压与负压的保压测试，一般正压保压压力为使用压力的1.2倍，负压保压为-12PSI，保压时间至少120分钟以上，由于压力传感器(PT)受温度的影响，一般有2PSI的正负波动。
