集菌仪是集菌培养器的配套使用仪器，通过集菌仪的定向蠕动加压作用，供试品被过滤并在滤器内进行培养，以检验供试品是否含菌。
智能集菌仪的操作使用：
1.取出集菌培养器先检查包装是否完好无损，在无菌室打开无菌包装袋。
2.将集菌培养器逐个放在不锈钢座上。
3.将集菌培养器的导管装入智能集菌仪泵头，要求定位准确，导管走势顺畅。
4.打开带检样品，插入针孔并消毒，然后将样品瓶定位。
5.拔去进样双芯针管的护套，插入样品中，开启集菌仪，再按“30R”“100R “140R”“160R”调节所需转速；按“Up”“Down”键可上下调节转速，实施过滤集菌（应避免双芯针管进气滤膜被药液浸湿，影响进气）。
6.完成集菌后，若样品含抑菌物质，用适当缓冲液清洗，清洗方法与集菌过程相同。
7.启开培养基的铝盖，插针孔并消毒。
8.摘下顶部空气滤器开口的胶塞，将集菌培养器底部滤器开口塞上胶塞，用止血钳依次开 闭软管，开启集菌仪，将培养基泵入特定的集菌培养器。
9.用小夹子夹闭与培养器连接部的导管，留下5-6cm导管，检出其余部分，并将开口端插入在空气滤器开口上。
10.分别按规定进行培养，并观察培养情况。
11.当更换检品和完成过滤时，按下“Stop”键，仪器立即停止运行。结束关闭电源。
12.取下不锈钢底座进行清洗。
