超声波显微镜的使用体验可能感觉与传统显微镜特别不同，因为大多数设置都是*数字化的，没有目镜，所以无法通过眼睛快速检查样品的位置和方向。此外，位移台的控制可能与传统显微镜的界面也有很大不同。快速扫描样品整个深度的能力，无需像共聚焦显微镜那样等待扫描完成，使得超声波显微镜的工作流程快速且直接。同样，快速的数据获取速度使得实验能够快速连续地进行。然而，快速的数据获取会导致大量数据迅速积累，用户需在谨慎考虑数据存储与数据处理能力的情况下方可进行长时间拍摄。
超声波显微镜的调节与校正：
1.选择并装配物镜和目镜：按需要选择物镜和目镜，在安装目镜时注意其内十字丝的方向。
2.调节照明：打开光源灯，调节变压器旋扭，直到亮度适度为止。
3.焦准：将薄片置于物台上，在教师指导下，用粗调或微调调焦至物象清晰。在此过程中，千万注意，物镜前透镜不要与薄片接触，以免打碎薄片或损坏镜头。
4.物镜中心的校正：物台旋转轴、物镜中轴、镜筒中轴、目镜中轴必须保持在一条直线上，才能正常使用，目前有关物镜中心的校正将由指导教师来完成。
5.下偏光镜的检查：下偏光镜的振动为东西向。当黑云母的解理平行下偏光镜的振动方向时颜色最深，据此可以检查、调节下偏光镜的振动方向。
6.上偏光镜的检查：移去薄片，视域黑暗，说明上偏光振动方向与下偏光振动方向互相垂直。否则，需要进行调节。
