脑立体定位仪被广泛的运用于脑的损毁、刺激和脑电记录的定位中，成为研究脑结构和功能的工具。
脑立体定位技术主要是使用脑立体定位仪作为定位仪器，利用某些颅骨外面的标志(如前囟、后囟、外耳道、眼眶、矢状缝等)或其它参考点所规定的三度坐标系统，来确定皮层下某些神经结构的位置，以便在非直视暴露下对其进行定向的刺激、破坏、注射药物、引导电位等研究，是神经解剖、神经生理、神经药理和神经外科等领域内的重要研究方法。
脑立体定位仪常用的实验动物，如大鼠、小鼠、猫等高等哺乳动物以及鸟类，其均有*的外耳道，可用(耳棒)来定位。在确定了颅外标记之后，就可按脑立体定位图谱所提供的数据进行定位操作。
检查脑立体定位仪*后，可进行下列校验性操作：
1、将两侧耳杆柱旋松，在主框上前后滑动，然后再按照原规定刻度装好，看两侧耳杆尖是否*对正。
2、取下一侧耳杆，将一侧电极移动架装好，前后左右上下移动各滑尺，使装在电极夹上的金属定位针尖正对耳杆尖的中心，记下各滑尺的刻度读数，再卸下移动架再装上，并按上法测定耳杆尖的部位，记下三个滑尺的读数，反复操作取平均数首先将放置水平的脑立体定位仪上的两个滑道，按实验的要求调节好合适的高度后。
3、然后再用水平尺调正好两个滑道的前后、左右水平。这时再把安置在滑道上的手动微推进器按上面的刻度调节垂直。
