稀有物种保护：
通过水体中的环境DNA可以有效检测水生脊椎动物，并且已在湿地和大型河流研究中得到证实[26]。利用环境DNA检测河流中的稀有物种和隐秘物种可以增加调查结果准确性，减少调查成本。Goldberg等[8]利用metabarcoding技术，通过收集快速流动的水体环境DNA样本，对尾突角蟾(Ascaphus montanus)和爱达荷陆巨螈(Dicamptodon aterrimus)两种物种进行监测。设计特异性引物尾突角蟾和爱达荷陆巨螈的线粒体Cyt b区域的85bp和78bp片段，在5个不同物种密度的水样中均成功进行了PCR扩增并灵敏地检测到了目标物种的存在。该研究还发现早春季节比早秋季节更难以检测到两栖类物种存在，推测可能是由于早春比早秋温度更低，降低了生物代谢速率而导致。Foote等[28]从海水中分离DNA，使用特异性引物扩增线粒体DNA区域60—80bp的片段检测水体中是否存在港湾鼠海豚(Phocoena phocoena)，对控制条件下和自然条件下该物种进行遗传监测。在一个样地中检测到长肢领航鲸(Globicephala melas)，而该物种极少在研究海域被发现，结果表明环境DNA的方法可用于检测稀有物种。Wilcox等[27]利用环境DNA结合定量PCR检测了河流中的两个稀有物种，美洲红点鲑(Salvelinus fontinalis)和强壮红点鲑(S.confluentus)，同时发现定量PCR(qPCR)比传统PCR更加灵敏，检测概率更高。Rees等[25]利用环境DNA和传统的实地调查方法开展对英国保护物种冠北螈(Triturus cristatus)的监测，野外调查发现有冠北螈分布的地点中，采集的水样DNA中成功检测出冠北螈的概率为84%。使用环境DNA方法监测物种，对物种及其生存环境不会造成损害。随着测序成本的下降，环境DNA与metabarcoding技术结合应用在许多情况下甚至优于一些传统监测方法，成为物种监测方法的又一选择[4]。
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