自动胶囊充填机的主电机和机械传动部分安装在台面下并由不锈钢护罩保护，台面采用进口不锈钢拉丝板覆盖，计量充填部分即物料生产操作区部分安装在台面上部，采用可对开式钢化玻璃门罩密封。胶囊机设计为两体式结构，生产区即台面以上框架与护罩采用隔离器式的一体化设计，框架台面罩处采抛光处理，四面钢化玻璃窗与框架之间采用充气密闭，并安装有干预生产的硅胶手套，所有运动的轴套与轴采用优质密封圈，有效防止台面上粉尘进入底部传动区。
为增加生产区的密闭效果，自动胶囊填充机在隔离生产操作区的同时，增加排风设计，在生产时维持生产区腔体内始终处于负压状态，避免粉尘泄漏。进排风均采用中效及高效过滤器，防止粉尘进入大气造成污染。所有过滤器均采用袋进袋出，方式更换，防止更换过滤器时操作人员因吸入有害粉尘而造成伤害。
自动胶囊填充机的工艺过程主要是：在充填机上首先将杂乱堆垛的空心套合胶囊的轴线排列一致，并保证胶囊帽在上，胶囊体在下。即，首先要完成空心胶囊的定向排列，并将排列好的胶囊落入囊板。然后，将空心胶囊帽、体轴向分离(俗称拔囊)，再将空心胶囊帽和胶囊体水平错开，再填充药粉。胶囊充填机的另一个重要功能是药粉的计量及充填。此外，还要剔除未分离的空胶囊；填充完毕后，闭合胶囊，完成主体操作。
