倒置显微镜是为了适应生物学、医学等领域中的组织培养、细胞离体培养、浮游生物、环境保护、食品检验等显微观察。由于这些活体被检物体均放置在培养皿(或培养瓶)中，这样就要求倒置显微镜的物镜和聚光镜的工作距离很长，能直接对培养皿中的被检物体进行显微观察和研究。因此，物镜、聚光镜和光源的位置都颠倒过来，故称为"倒置显微镜"。倒置显微镜多用于无色透明的活体观察，在倒置显微镜的基础上添加一套荧光附件:激光激发块，荧光光源，荧光照明器，激发块切换装置，即可进行倒置荧光观察。
倒置荧光显微镜的使用操作
1.明视野观察的正确使用。倒置荧光显微镜的功能之一是明视野观察，其基本原理是标本经光线照射后，各部分对光吸收的不同而在明亮的背景中实现成像，主要适用于经染色或本身具有颜色的细胞、组织切片等标本的观察。
2.相差观察的正确使用。倒置荧光显微镜的功能之二是相差观察，其基本原理是将样本不同部分的光程差转变为振幅差，经过带有相位片的相差物镜和带有环状光阑的聚光镜实现观测，主要适用于活细胞或不染色的组织切片观察,在实验教学过程中，除了正确引导医学研究生遵守相差观察的基本操作方法，同时更为重要的是引导他们对使用相差观察的标本认识和掌握。对他们来说，在日后的科学研究中，尤为常用的是培养细胞的显微观察。首先，对于细胞器材的选择，一般建议使用玻璃材质和塑料材质的培养皿、培养板和培养瓶。它们多为无色透明，可直接在倒置荧光显微镜上进行观察，不用倒掉细胞液和经过其他处理。其次，在进行显微观察中，不要随意打开器材的盖子，以免污染细胞。最后，对于操作人员来说，需佩戴手套、口罩和白大衣，不仅可以保护自身健康而且可以防止细胞污染。
3.荧光观察的正确使用。倒置荧光显微镜的功能之三是荧光观察，其基本原理是利用激发光激发样本产生荧光，从而实现样本的形状与定位观察，主要适用于荧光标记样本的观察。荧光观察是倒置荧光显微镜的重要功能，其配件昂贵且使用特殊。要想医学研究生正确地掌握荧光观察的操作使用规范，教师除了教会他们掌握基本的操作方法，同时更为重要的是教会他们掌握它的特殊性。首先，在标本制作中，载玻片和盖玻片应表面光洁且厚度适宜(载玻片在0.8mm~1.2mm之间，盖玻片在0.17mm左右)；标本应厚度适宜，同时避免细胞重叠或杂质掩盖；封裱剂应使用甘油和碳酸盐缓冲液(0.5mol/L PH9.0～9.5)的等量混合液。其次，在荧光观察前，应关闭房间内的电灯和倒置荧光显微镜的白光，确保处于暗室环境。最后，在荧光观察中，应严格控制观察时间，一般以1~2小时/次为宜，否则荧光会出现衰减和消失的现象；调整光源时应佩戴防护眼镜，避免紫外线对眼镜的伤害。
4.图像拍摄的正确使用。在科学研究中，不仅要求倒置荧光显微镜可以实现多种观察，而且要求倒置荧光显微镜可以实现图像拍摄。倒置荧光显微镜系统通过光电转换将光学显微镜与计算机结合在一起，不仅可以在目镜上进行显微观察，而且可以在计算机上进行实时动态图像的观察、编辑和保存。
