虽然PCR仪器不是一种计量仪器，但其主要作用原理与基本计量要素密切相关，要求较高，一旦失控，仪器将不能正常工作，所以PCR仪器也需要定期检测和维护，这对依赖自然风降温的PCR仪器尤为重要。
在仪器的维护保养中，需要注意以下问题：
1)PCR仪器需要定期检测，视制冷方式而定一般半年至少一次。
2)PCR反应的要求温度与实际分布的反应温度是不一致的，当检测发现各孔平均温度差偏离设置温度大于1～2℃时，可以运用温度修正法纠正PCR实际反应温度差。
3)PCR反应过程的关键是升、降温过程的时间控制，要求越短越好，当PCR仪的降温过程超过60s，就应该检查仪器的制冷系统，对风冷制冷的PCR仪要较*地清理反应底座的灰尘；对其他制冷系统应检查相关的制冷部件。
4)一般情况如能采用温度修正法纠正仪器的温度时，不要轻易打开或调整仪器的电子控制部件，必要时要请专业人员修理或利用仪器电子线路详细图纸进行维修。
