微波合成仪是微波有机合成最核心的部分，最初微波作用下的有机合成都是在家用微波炉内完成的，在未经改装的微波炉内进行封闭的有机反应，反应体系在几分钟内能达到很高的温度和压力，存在着爆炸的危险，后改用耐高压的聚四氟乙烯材料或在玻璃器皿外再包一层抗变形但能透射微波的特殊材料，制成防爆反应容器，但未经改装的微波炉内不能进行回流、搅拌等操作，只能在敞口容器中反应，对一些易挥发、易燃烧的有机物则很危险。为使有机合成能在安全可靠的条件下进行，人们对微波炉进行改造，在微波炉顶部或侧面打孔，装上防止微波漏能装置，反应容器由打孔处与外界的回流、搅拌、滴加和分水等装置相连，成为使用最多的常压微波有机合成仪。
微波合成仪的主要特点是：
1、采用先进的单模微波技术，使微波以单一模式进入反应腔，在反应腔内按一定方向传导，形成一个能量均匀的、高密度的、稳定的微波场，保证了反应体系升温迅速，受热均匀，使反应具有更高的选择性，产物的产率和纯度更高，根本上满足了微波有机合成中微波场的可控性和可重现性等要求。
2、对系统温度、压力和微波输出的精确控制，可全程动态地观察到功率、温度、压力及反应时间，使同一反应具有良好的重现性和稳定的放大性，对中试设备或产业化设备的研制更具有参考价值。
3、功能强大的软件系统或微波合成数据库，可以得到一个非常详细的反应信息，大大节省设计新反应条件、扩展反应多样性和优化反应条件的时间。
4、机械手的自动化操作可以在无人照管的情况下完成一系列合成反应，从而在更少的时间内完成更多的反应。
5、反应在密闭的容器中进行，不需回流，有内置的搅拌装置使反应物充分混和，不存在有机物挥发对环境造成的污染，符合绿色环保的要求。
