对于每次测定，包括测定标样和样品，仪器均按以下顺序自动进行工作：
1． 样品盘转动，定位到要测定的样品位置；
2． 关闭蠕动泵；
3． 取样针下移到吸气泡位置；
4． 开蠕动泵一定时间吸取前隔离气泡；
5． 取样针下移扎破样品离心管盖壁，到吸样位；
6． 开蠕动泵一定时间吸取待测样品；
7． 取样针上移到最高使之离开样品离心管后再下移到吸气泡位置；
8． 开蠕动泵一定时间吸取后隔离气泡；
9． 取样针上移到最高位；
10． 开蠕动泵一定时间，把吸取的样品送到固定化酶传感器前面，停泵4秒；
11． 蠕动泵低速度流注，开始测定；
12． 等待测到酶反应最大速率；
13． 蠕动泵高速清洗，直到电极电流回复较低水平，进入下一次测定。
仪器每次运行都获得一个酶反应产生H2O2的电极电流数据，控制CPU根据测定标样时的电流数据自动对仪器进行标定，再通过标定数据和测定样品时的电极电流，经计算得到样品中待测物的含量。如对仪器进行线性校正，则控制CPU会根据仪器的二个校正数据，获得酶促反应的米氏动力学曲线，并由此对测线结果进行校正处理。
