A.紫外灯消毒灭菌
紫外线灭菌灯（简称紫外灯）在其他消毒方法未使用之前，最早为药品生产企业普遍采用，主要用在洁净工作台、层流罩、物料传递窗、风淋室乃至整个洁净房间的消毒，由于目前已有了其他好的灭菌方法，洁净室内安装哪种紫外线杀菌力*？紫外线波长为136~390nm，以253.nm的杀菌力*，但紫外线穿透力极弱且存在照射死角，只适用于表面杀菌。
B.臭氧消毒
臭氧广泛存在于自然界中，雷雨过后的空气有一种“清新”感觉，是因为空中放电产生臭氧，消灭了空气中的细菌和微生物净化了空气。人们在松林中也会嗅到臭氧的气味，是因为松树脂氧化产生臭氧。地球大气圈的平流层中，由于受太阳紫外线的强烈照射以及宇宙射线的激发而产生臭氧，这里臭氧集中形成一个臭氧层，它像一把保护伞挡住太阳的紫外线和宇宙射线使地球的生物免受危害。科学研究表明，臭氧具有强烈的杀菌消毒作用。
臭氧（O3）的消毒原理是：臭氧在常温、常压下分子结构不稳定，很快自行分解成氧（O2）和单个氧原子（O），后者具有很强的活性，对细菌有强氧化作用，臭氧氧化分解了细菌内部氧化葡萄糖所必需的酶，从而破坏其细胞膜，将它杀死。多余的氧原子则会自行重新结合成为普遍氧分子（O2），不存在任何有毒残留物，故称无污染消毒剂。它不但对各种细菌（包括肝炎病毒、大肠杆菌、绿脓杆菌及杂菌等）有较强的杀灭能力，而且对杀死霉菌也很有效。
生产臭氧的原料主要是空气和电能，一般通过高频臭氧发生器（电子消毒器）来获得。消毒时，直接将臭氧发生器置于房间中即可，空气中使用臭氧消毒的浓度很低，只有几个PPm，可根据房间体积及臭氧发生器的臭氧产量来计算得到。臭氧消毒效果的验证中需确认和校正的臭氧发生器技术指标主要有：臭氧产量、臭氧浓度和时间定时器，并通过验证检查细菌数来确定消毒时间。
C.气体灭菌
对环境空气的灭菌传统做法是采用某种消毒液在一定条件下让其蒸发产生气体来熏蒸。消毒液有甲醛、环氧乙烷、过氧乙酸、石碳酸和乳酸的混合液等。在所有的消毒液中，甲醛是常用的，当相对湿度65%以上，温度在24～40℃时，甲醛气体的消毒效果好，但采用过多的甲醛，会因聚合而析出白色粉末附着在建筑物或设备表面，顺应采用合理的消毒方法来进行。 甲醛消毒灭菌的气体发生量、熏蒸时间、换气时间等应以验证结果来最后确定。
D.消毒剂灭菌
洁净室的墙面、天花板、门、窗、机器设备、仪器、操作台、车、桌、椅等表面以及人体双手（手套）在环境验证及日常生产时，应定期清洁并用消毒剂喷洒。常见的消毒剂有异丙醇（75%）、乙醇（75%）、戍二醛、洁尔灭等。无菌室消毒我国药厂传统的方法是用甲醛熏蒸，国外药厂认为甲醛对人体有一定的危害，现普遍采用戍二醛喷洒，其方法是将戍二醛放在带有时间控制的自动喷雾器中，在下班后或周末，无菌室内无人时自动喷洒，其喷洒量可以调节，时间可以设定，在喷洒期间空调系统应停止工作。 无菌使用的消毒剂必须在层流工作台中，用0.22μm的滤膜过滤后方能使用。
