在线藻类分析仪采用荧光技术，通过检测叶绿素荧光强度确定不同类的藻贡献的叶绿素a的浓度，同时估算各类不同藻的浓度。设备能实时给出藻的总浓叶绿素a的总浓度，以及各类藻的浓度、各类藻贡献的叶绿素浓度变化曲线。仪器把藻类分为绿藻、蓝藻、硅藻和棕藻共四类分别检测。相比传统的培养和显微镜检测方法，大大减轻工作量，加快检测速度。设备同时检测出各类藻的活性。样本不需要过滤、溶解等任何预处理。
在线藻类分析仪的主要检测参数：
1.直接检测叶绿素荧光：分类检测不同藻贡献的叶绿素浓度；
同时分别估计出不同类别藻的浓度(例如蓝藻浓度、蓝绿藻浓度、棕藻浓度和隐藻浓度)。
2.检测样本中叶绿素荧光活性(Gentymenthod):
在特定条件下显示光合作用意义下活叶绿素的百分比。
3.进行荧光法藻分类：
通过用不同颜色的发光二级管作激发光源，区分藻的类别。计算绿藻、蓝绿藻、棕藻(硅藻和甲藻)及隐藻的叶绿素含量。
4.透光度：
对任何一次检测或必要时，自动检测透光度。检测结果用于补偿浊度对检测结果的影响。
5.黄色物质(CDOM)：
黄色物质的荧光会影响检测结果，为了改进叶绿素的检测，同时检测黄色物质，对计算的叶绿素量进行校准。
7.批量模式：在实验室使用时，将流经模式改为单检测模式。
在线藻类分析仪适合与在线监测，需要有适当的防护设施。检测小站，有小房子。设备不宜暴露在阳光下，有空调设备。在监测时，设备周围外部环境温度应该不超过40℃。主要用在水坝监测、水道分析与评估、综合环境监测、取水口评估、化学分析、湖泊工程、科研与教学、游泳水藻类爆发性繁殖、河流湖泊藻类生长等情况。
