菌落计数器有手动与自动之分，手动也就是由由计数器、探笔、计数池等部分组成；一般使用单位计数不是很频繁，培养的菌体不超过3位数，基本都采用手动就行了；自动菌落技术器有两种，分别为与可与电脑联系，配有系统软件，可将培养皿放在仪器上面由电脑里系统软件识别，计数可以以鼠标点击等方式计数，计数完了可出具数据报告，另一种就是可以在前一种的检测方式上同时还可以检测抑菌圈，大肠杆菌，螺旋分析的功能，一般需要出具数据报告分析及需要进行其他，如抑菌圈测定和大肠杆菌测定的就可以采用全自动的菌落计数仪。
菌落计数器的应用领域：
医院
疾病控制，卫生检验中心
检验检疫局
质量技术监督局
大学：食品科学与工程 微生物 发酵 免疫 医学检验 公共卫生
科学院，研究机构
环境监测部门
自来水公司
制药企业：生物制药，化学制药，抗生素企业
化妆品企业
食品企业
(1)饮料(2)饮用水(3)乳品(4)保健食品(5)糕点糖果(6)膨化食品(7)食品添加剂(8)粮食及其制品(9)酒类(10)调味品(11)微生态
保健食品
消毒剂、消毒器械：(1)消毒剂(2)消毒器械(3)生物指示剂(4)化学指示剂(5)灭菌包装物
一次性使用医疗用品
(1)输注类(2)导管类(3)诊断、治疗器具类(4)透析器具类(5)麻醉器具类(6)手术巾、敷料类(7)护理器材类
卫生用品(1)卫生巾(2)尿布(3)皮肤、粘膜卫生用品(4)隐形眼睛护理用品(5)其他的一次性卫生用品
