毛细管电泳实际上包含电泳、色谱及其交叉内容，它使分析化学得以从微升水平进入纳升水平，并使单细胞分析，乃至单分子分析成为可能。
毛细管电泳仪出现无峰、峰变形、峰漂移怎么办
检查电流是否稳定：
①没有电流。
可能原因――毛细管堵塞或断裂。
解决方法――用水冲洗毛细管，并观察是否有水流出，若无水流出请拆下卡盒检查毛细管两端和窗口是否断裂；毛细管没有断裂的话可以用水反向高压冲洗以试图解决此问题。缓冲溶液需要过滤，将样品过滤或者离心去除其中的颗粒。
②电流波动很大，直至几乎消失。
可能原因――缓冲溶液中有气泡产生或者区带中样品析出。
解决方法――将缓冲溶液超声脱气，如果还有此现象发生，则可能是样品区带有析出，可以通过降低样品浓度/延长ramp time来试图解决这一问题；对于在缓冲溶液中溶解度不高的样品则需要在缓冲溶液中加入添加剂以解决此问题。
③电流初始值较小，后逐渐增大。
可能原因――样品进样量过大。
解决方法――减少进样量，通常进样参数设置在0.5psi,5sec左右。
问题二 样品峰形不对称
A、检查毛细管入口：
可能原因――毛细管入口切口不平齐。
解决方法――重新切割毛细管入口，注意毛细管切割方法，不可以用力过猛或反复刮擦。
B、检查更改样品溶剂：
可能原因――缓冲溶液与样品溶液电解率差别过大。
解决方法――可采用缓冲溶液作为样品溶剂
问题三 迁移时间不稳定
①出峰时间不稳定且无规律：可能原因――缓冲溶液与毛细管内壁平衡较慢。解决方法――每次样品运行之间避免用NaOH冲洗毛细管。
②出峰时间依次后延：可能原因――样品中有物质易发生吸附。解决方法――首先在每次样品运行之前用0.1N NaOH短时间冲洗毛细管，看迁移时间能否重复，如果效果不佳请使用涂层毛细管来改善结果或者将样品再次处理，以去除样品中易吸附的组分。
