一、离心管中心线与旋转轴角度不一样：水平转子静止时，转子中的离心管中心线与旋转轴平行，旋转加速时，中心线由平行位置逐渐过渡到与旋转轴接近垂直的位置，降速时，离心管中心线由与旋转轴接近垂直的位置逐渐趋向平行位置；角转子中的离心管中心线与旋转轴成20～40度的固定角度，角度越大，分离效果越好。
二、适用性不一样：水平转子可以做到大容量分离和利于从离心管中分层取出，不宜高速分离；角转子不宜大容量分离，颗粒沉降时，先沿离心力方向撞向离心管，然后沿管壁滑向管底，管的一侧会出现颗粒沉积而产生壁效应，影响分离效果，宜高速分离。
三、重心和阻力不一样：水平转子分离重心较高，阻力较大，有少量的壁效应；角转子可以做到重心低，阻力小，运转稳。
过滤式离心机的主要原理是通过高速运转的离心转鼓产生的离心力（配合适当的滤材），将固液混合液中的液相加速甩出转鼓，而将固相留在转鼓内，达到分离固体和液体的效果，或者俗称脱水的效果。沉降式离心机的主要原理是通过转子高速旋转产生的强大的离心力，加快混合液中不同比重成分（固相或液相）的沉降速度，把样品中不同沉降系数和浮力密度的物质分离开。
当含有细小颗粒的悬浮液静置不动时，由于重力场的作用使得悬浮的颗粒逐渐下沉。粒子越重，下沉越快，反之密度比液体小的粒子就会上浮。微粒在重力场下移动的速度与微粒的大小、形态和密度有关，并且又与重力场的强度及液体的粘度有关。象红血球大小的颗粒，直径为数微米，就可以在通常重力作用下观察到它们的沉降过程。
角转子中的离心管能够保持固定的角度离心，可以使用较高的转速，离心后沉淀位于管底的斜面。较大容量的转子通常可以配不同的“适配器”来“固定”小容量的样品管，例如6 x 85ml的转子每孔可以放置85ml的离心管，也可以放50ml或者15—20ml的离心管，实现一物多用；但是由于重量的负担，大容量转子的最高转速相对小的要低一些，因而还要考虑最高离心力是否能满足实验要求。
水平转子配有4或6个吊篮，静止时垂直挂在转子上，吊篮有不同的适配器以满足不同容量的离心管的需要。当转子转速超过600rpm后离心管达到水平位置，样品沉降方向是沿离心管轴向移动，最后沉降在管底，便于收集。因为不如固定角转子稳固，水平吊篮最高转速相比固定角转子要低很多，限于低速离心的范围。
