带电荷的物质在电场中的趋向运动称为电泳。核酸电泳是进行核酸研究的重要手段，是核酸探针、核酸扩增和序列分析等技术所*的组成部分。核酸电泳通常在琼脂糖凝胶或聚b烯酰胺凝胶中进行，浓度不同的琼脂糖和聚b烯酰胺可形成分子筛网孔大小不同的凝胶，可用于分离不同分子量的核酸片段。
一、琼脂糖凝胶电泳
1.原理：
琼脂糖是从海藻中提取出来的一种线状高聚物。将琼脂糖在所需缓冲液中加热熔化成清澈、透明的溶胶，然后倒入胶模中，凝固后将形成一种固体基质，其密度取决于琼脂糖的浓度。 将凝胶置电场中，在中性pH值下带电荷的核酸通过凝胶网孔向阳极迁移，迁移速率受到核酸的分子大小、构象、琼脂糖浓度、所加电压、电场、电泳缓冲液、嵌入染料的量等因素影响。在不同条件下电泳适当时间后，大小、构象不同的核酸片段将处在凝胶不同位置上，从而达到分离的目的。琼脂糖凝胶的分离范围较广，用各种浓度的琼脂糖凝胶可分离长度为200bp至50kb的DNA。
二、聚b烯酰胺凝胶电泳
1.原理：
聚b烯酰胺凝胶通过b烯酰胺单体、链聚合催化剂N，N，N’，N’-四甲基乙二an(TEMED)和过硫酸an以及交联剂N，N’-亚甲双b烯酰胺之间的化学反应而形成。b烯酰胺单体在催化剂作用下产生聚合反应形成长链，长链经交联剂作用交叉连接形成凝胶，其孔径由链长和交联度决定。链长取决于b烯酰胺的浓度，调节b烯酰胺和交联剂的浓度比例，可改变聚合物的交联度。 聚b烯酰胺凝胶电泳可根据电泳样品的电荷、分子大小及形状的差别达到分离目的，兼具分子筛和静电效应，分辨力高于琼脂糖凝胶电泳。可分离只相差1个核苷酸的DNA片段。 聚b烯酰胺凝胶电泳用于分析和制备长度小于1kb的DNA片段。根据所要分离的核酸片段大小，可制备不同浓度的凝胶。
三、应用范围：
琼脂糖凝胶电泳适合分离、纯化200bp-50kB长度的核酸片段，广泛应用于基因组提取与分析、载体构建、质粒提取等方面，分辨率较低，相差100bp以内的核酸片段较难分离。
聚b烯酰胺凝胶电泳适合分离1kB以下的小核酸片段，适用于序列分析与比对、核酶分析与鉴定、小片段核酸的提取与分析等方面分辨率较高，可以精确分离相差十几至几十bp的小片段核酸分子。
