中压制备色谱的主要部件为输液泵、进样阀、检测器、馏分收集器等，比如瑞士公司的早期的中压液相制备色谱，其输液泵流速可达156mL/min，并配有阻尼器，以保证液流的稳定；进样器配有0.5-50mL的不同体积的定量管；检测器有紫外和示差折光检测器，流通池体积比较大，允许大流量流动相通过而无需分流；馏分收集器有原盘式和排式两种，原盘式的接收管多达80个，而后者则更多；色谱柱内径9-105mm，长度250-1760mm不等。
对于一般中压制备色谱，当色谱柱直径较大时，柱头往往设计成锥形或有类似于伞状的液流导向结构，使得当大量样品进入到柱头上时，能迅速地分散到整个柱横截面上，及时被流动相冲走，避免了因样品的局部过浓而引起柱超负荷和谱带加宽。柱子填料则采用比较耐压的交联改性的多糖凝胶(如Sepharose CL，Superose等)，聚合物微球，复合材料介质或硬质SiO2基体的化学键合相等，粒径一般在25～40um（常用的填料尺寸是15-25um，25-40um或40-63um），可采用湿法或干法装柱。
中压制备色谱根据液相方法的流速和洗脱时间计算溶剂消耗量，装流动相的容器应清洁。含水流动相建议在实验前配制，并注意流动相的保质期。色谱柱都有一定的pH使用范围，流动相的pH应在色谱柱耐受的pH范围内。长时间停用或者更换流动相等，可能导致溶剂管路或溶剂泵被引入气泡，需要先排出气泡再进行实验。操作方法：打开溶剂泵的排空阀，开启溶剂泵的流速，排出溶剂管路和泵中气泡，直至排出的废液连续无间断，表明气泡已排干净。
