环境监测是测量代表环境质量的各种指标数据的过程，它包括环境分析、物理测定和生物监测。所谓微生物环境监测，就是利用生物环境污染的各种信息作为判断环境污染状况的手段。长期生活在大自然中，既能反映各种因素的综合作用，又能反映环境污染的历史状况。因此，生物监测可以弥补理化分析检测的不足，特别是微生物具有*的特性，与环境密切相关。因此，微生物方法在生物监测中占有特殊的地位。
（1）粪便污染指示菌
粪便污染指示菌的存在是水中粪便污染的一个指标。根据正常人粪便中微生物的分析测定结果，认为以大肠菌群和粪链球菌为指标较为合适，其中前者应用较为广泛。
大肠菌群是指一大群好氧和兼性厌氧革兰阴性杆菌，类似于大肠杆菌，能在48小时内发酵乳糖产生酸和气体，包括大肠杆菌、柠檬酸菌、肠杆菌、克雷伯氏菌等。确定大肠菌群的常用方法有两种：发酵法和滤膜法。
有两种表示大肠菌群数量的方法。一是“大肠菌群数”，又称“大肠菌群指数”，即1L水中所含大肠菌群的数量。二是“大肠菌群值”，指水样中能检出一个大肠菌群的最小水样体积（ML）。数值越大，水中大肠菌群的数量越少。我国饮用水卫生标准规定，1L水中大肠菌群总数不得超过3个，即大肠菌群值不得低于333ml。
（2）水污染指示区
一般生物多适合清洁水，但也有一些生物在一定程度上适合污染水。在各种被污染的水体中，每一个都有自己的生物种类和组成。根据水域内的动物、植物和微生物，可以推断水域的污染状况，通过微生物环境监测确定污水的生物区。水体通常分为多污染区、中污染区和少污染区。中污染区分为A类中污染区和B类中污染区。
