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蓬勃发展IVD, 5倍+速度助力引物探针开发

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2022/6/28 15:29:35

近年来,我国IVD产业发展迅速,国内市场容量向千亿元级迈进。

分子诊断作为体外诊断(IVD)领域发展迅速的细分行业,具有检测时间短、灵敏度更高、特异性更强等优势,被广泛应用于传染性疾病、血液筛查、遗传性疾病、肿瘤伴随诊断等领域。

 

 

1、分子诊断技术

分子诊断是指以DNARNA核酸为诊断材料,使用分子生物学技术检测人体是否携带病毒基因、是否存在缺陷基因以及是否存在表达异常。 分子诊断是预测诊断的主要方法,既可以实现个体遗传病的诊断,又可以实现肿瘤早筛。

分子诊断大致可分为PCR技术、基因测序、荧光原位杂交和基因芯片等。


 

1:分子诊断技术的分类


目前国内分子诊断细分赛道市场**占比分别为:PCR(40%),分子杂交(35%),生物芯片(16%),其他(9%),PCR技术占据了分子诊断半壁江山。

(根据智研咨询/国元证券研究中心数据调研)

肆虐全球的疫情是分子诊断行业发展的催化剂,而PCR技术是分子诊断中十分常用的检测手段,作为确诊疫情金标准

 

2、PCR聚合酶链式反应

PCRPloymerase chain reaction,即聚合酶链式反应的缩写,一种核酸(DNARNA)体外扩增技术。利用DNA双链复制的原理,能在短时间内将及微量的特定核酸片段精确复制出百万份的拷贝,从而实现对极其微量的DNARNA片段进行定量。

 

 

2PCR反应过程

 

PCR技术由1983Kary Mullis初创,被广泛运用在产前诊断(如乙肝病毒筛查)、肿瘤早筛(如HPV人乳头瘤病毒检测)、传染病检测(如HIV艾滋病病毒检测)、呼吸疾病检测基因检测(如亲子鉴定)等诊断。


 

3:核酸检测案例

 

体外诊断RT-PCR试剂盒中包含了模板双链DNA、一对特定序列的引物、一个带有检测基因的探针、DNA聚合酶、底物dNTP、缓冲溶液等,那么如何确保DNA能顺利进行特异性扩增?又如何正常标记?引物和探针的寡核苷酸原料*

 

 

4PCR反应试剂原料

 

引物和探针的寡核苷酸原料*

上文提及的引物、探针,和酶等都是IVD原料,即用于制备IVD产品的材料,其品质对IVD产品的性能和检测准确度影响极大,因此上游环节在IVD产业链中话语权十分强

然而,长期以来IVD原料生产一直是我国IVD产业中的卡脖子环节。IVD原料市场需求不断增长,但其背后的核心技术并未取得相同幅度的进步。由于IVD原料的研发难度较高,国产IVD原料在生产工艺及纯度质量上仍与进口原料存有差距。

随着我国IVD原料企业投入大量资金开展基础研究与开发工作,其研发创新能力与原料工艺质量不断提升。那么我们先来了解一下,生产这些上游原料的要点及难点。

 

引物

引物的特异性是PCR特异性的关键,引物是具有*靶向序列的短链寡核苷酸片段,帮助识别基因组的*性。通过引物特异性结合在目标区域,作为DNA复制开始时DNA聚合酶的结合位点。不纯的引物不但会直接影响RT-PCR的特异性和定量不准,还会影响后续的测序实验。

 

引物不纯可能会导致:

1)非特异性扩增;

2)无法用预先设计在引物5′端酶切位点的酶切开,特别是没有保护碱基的引物;

3) 用于测序出现双峰或乱峰。

 

 

5:引物

 

探针

TaqMan荧光探针是一种具有荧光基团的特定寡核苷酸片段,通过检测荧光分子的信号强度即可知道PCR产物扩增量,每扩增一条DNA子链,就有一个荧光分子发出信号。

 

6Taqman探针

 

无论是PCR反应还是NGS测序等核酸水平的分子诊断技术,都需要优质的引物和探针,确保诊断的灵敏度和准确性。必须对合成后的寡核苷酸片段进行纯化处理,得到符合纯度要求的PCR试剂盒的原料,再销售至下游生产核酸试剂盒的厂家。

 

3、如何得到优质或高纯度的引物探针?

引物/探针等寡核苷酸通过自动核酸合成仪合成之后,需要通过不同的分离纯化方式(比如脱盐过柱法或RP-HPLC方法)。

 

 

7HPLC纯化 

 

RP-HPLC制备型反向高效液相色谱法是引物/探针常用的纯化方法之一,其优点是纯度高(高达99%)、自动化程度高。纯化后需要使用相关的溶剂蒸发设备去除其有机溶剂(如乙腈、甲醇、水等)后,一般包装至EP管或者96孔板中。

然而,使用传统浓缩方法去除这些溶剂时,如果控制不当,未必能使溶剂蒸发*,会影响引物和探针的一致性和纯度。

为防止样品暴沸,需要在溶剂蒸发过程的控制好抽真空速率,Genevac大容量核酸合成浓缩仪(图7)利用控制真空度和离心力,可以有效防止暴沸避免交叉污染。

 

8:真空离心浓缩仪  

 

4争分夺秒|分子诊断的新趋势

随着核酸检测常态化发展,大量的试剂盒被用于每日的核酸检测。分子诊断新趋势是更快,更准! 

采样快速——59日,国务院联防联控机制提出,大城市要建立步行15分钟核酸采样圈

检测快速——截至512日,上海市的核酸检测能力现在也达到了每天800万管以上。

(数据来源:*)

 

5为上海市复工复产做准备

按照六月以后复工复产的要求,每人每周需要进行两次的核酸检测,根据上海市常住人口数量2500万,除去退休人员,小孩子,无业人员,至少有60%的人员需要参加这些检测,也就是说每天至少消耗越428万管的检测试剂。

面对日均如此大需求量的检测试剂盒,上游原材料的质量和供应速度应该同幅度进步和增长,在引物和探针的制备过程中,使用高通量的真空离心浓缩设备可以大幅度提高生产效率,溶剂蒸发的速度起到四两拨千斤的作用。

接下来介绍一款大容量核酸合成浓缩仪miVac Quattro,它的样品通量是传统的氮吹浓缩仪的5+,大幅度提高了蒸发容量和节约蒸发时间。在核酸合成中十分常用1.5ml EP管可以同时浓缩200位样品,另外兼容96孔板,多可同时容纳20个浅孔微孔板或8个深孔板。

 

9miVac Quattro大容量核酸合成浓缩仪

 

 

10 多样的转子类型

 

提高浓缩速度的秘诀是提高热传导率。


下图使用不同条件下的样品浓缩速度,Genevac通过一系列措施促进热量向样品传导,在浓缩速度上有显著提升,助力引物/探针试剂高效率生产。


 

11:不同条件下的提升浓缩速度

 

实心铝制转子——相比塑料转子或空心转子,*的实心铝制转子具有良好的热传导效果,即使在真空条件下也能有效传递热量。

腔体预热功能——结合腔体预热功能,能有效提升浓缩速度。

高效率的SpeedTrap™冷阱——新型的冷阱线圈制冷,能冷凝回收95%以上的有机溶剂。

 

 

12Speedtrap冷阱

 

一款安全、可控、快速、高通量的浓缩仪,可以更大程度地减轻工作负担,高效助力生产优质的IDV原料,用户仅需设置温度,一键选择醇或水的方法,然后按下启动键即可使用。 

寡核苷酸除了在IVD中扮演重要角色,现在作为创新药的热门选手,也承载了很多科研人员的希望,下一期我们就来聊聊Oligo药物筛选的那些事。

 

原理介绍:

Genevac miVac是由离心腔、冷阱、真空泵三部分组成真空离心浓缩仪,用于对寡核苷酸、核酸等样品进行浓缩、纯化、干燥,适用于oligo合成、RNA/DNA制备、肽制备、测序、分子生物学和ADME/毒理学研究。

抽真空:利用压力降低时,溶剂的沸点也随着降低。使生物样品能在较低的温度条件下进行溶剂蒸发。加快蒸发效率的同时,可防止热敏感样品失活。

离心:为了避免样品暴沸和交叉污染,采用高速离心旋转技术,离心力的作用下可以有效防止暴沸和样品损失,干燥后的溶质*沉积在容器的底部,便于样品的*回收。

热量:加速样品的蒸发速率。

英国GeneVac公司成立于1990 年,隶属SP Scientific 旗下,一直专注于研究和生产各种离心蒸发浓缩设备,不断为生命科学提供更前沿和优质的解决方案。


 

 

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