随着人们生活水平的提高，对健康的要求越来越高，益生菌普遍的被接受并广泛使用。益生菌是一类对宿主有益的活性微生物，是定植于人体肠道、生殖系统内，能产生确切健康功效从而改善宿主微生态平衡、发挥有益作用的活性有益微生物的总称。
2001年3月中国卫生部发布了卫法监发〔2001〕84号,益生菌类保健食品评审规定第十条明确指出：不提倡以液态形式生产益生菌类保健食品活菌产品，因益生菌已经过科学实验认证液态存活非常难,且益生菌怕水,所以消费者在购买益生菌的时候一定要选择冷藏运输,或者在超市冰柜冷藏柜中的益生菌粉状，而其他一些液态饮料以及网络销售的无冷藏运送的产品益生菌存活非常低。
因此益生菌冻干法是保存益生菌的一个好的解决方法，解决了益生菌活菌易死亡，菌数不稳定，益生菌产品保质期短，质量不稳定的技术问题。冷冻干燥在低温下进行升华和解析干燥，因此对于益生菌这类热敏性的物质特别适用。冷冻干燥过程中给采用的是低温凝固，低温升华干燥除水和低温解析的方法除结合水，因此冷冻干燥后的益生菌冻干粉疏松多孔，呈海绵状，溶解迅速而*，几乎立即恢复原来的性状。冷冻干燥在真空下进行，氧气极少，益生菌活性能够得到充分保护。冷冻干燥能排除95-99%以上的水份，干燥后的益生菌产品能长期保存而不致失活、变质。
益生菌冻干最主要的是益生菌配方保护剂的筛选和冻干工艺曲线的设置。只有合适的配方和合适的工艺曲线才能保证冻干出来的样品外观好，活性高。不然工艺控制不合适可能冻干后活菌的活性已经失活了。益生菌冻干机选择要选择硅油循环型冻干机，选择原位冻干机，避免转移污染和影响样品。硅油循环冻干机能够有效精确控制板层温度，温度均一性好，板层温度可调、可控制不同的温度，干燥过程升降温速率可控，可以设置不同的冻干工艺曲线，实现样品的成功冻干；同时可以采用手动模式模式工艺，自动控制模式进行成熟工艺生产；可以配置干燥室真空调节功能，方便进行真空调节控制温度，提高升华干燥效率。选择益生菌用冻干机可以选择Pilot E\M\ES\EP等系列冻干机。
