凝胶法是一种基于鲎试剂中的多个酶蛋白在模拟的生理环境下进行的反应，所以在反应过程中会受到很多生化因素的影响。此外，由于内毒素本身的特性决定了容易被吸附和集聚，所以采用凝胶法进行细菌内毒素检查时只有很少的非肠道用药没有干扰可直接检查，大部分药物存在干扰。因此，消除干扰因素的影响对于使用鲎试剂凝胶法检查细菌内毒素显得十分必要。
凝胶法鲎试剂与内毒素反应受诸多因素干扰，主要有二大类：抑制型干扰、增强型干扰。在进行细菌内毒素检查时，当供试品含有的内毒素浓度≥2倍检测试剂的灵敏度，但检测结果仍为阴性时，即为抑制型干扰，抑制型干扰的结果表现为“假阴性”；当供试品含有的内毒素浓度低于检测试剂灵敏度的1/2，但检测结果仍为阳性时，即为增强型干扰，增强型干扰的结果表现为“假阳性”。
鲎试剂与内毒素的反应是一个复杂的酶促反应，因此其反应的介质要求有合适的pH，最佳 pH范围为6~8。为保证反应介质合适的pH，鲎试剂必须具有一定的pH缓冲能力。但有些检品本身要求在酸性或碱性的介质中保存，且自身也具有一定的pH缓冲能力，对这类检品进行细菌内毒素检查时，鲎试剂的pH缓冲能力就不足以使反应介质的pH缓冲到最佳范围，会使反应受到干扰，通常表现为抑制作用。
内毒素是一个具有亲水，疏水两个区域的两性分子，这种结构使内毒素分子间或内毒素分子与检品中成分结合形成微室，内毒素的分散性是由脂质A形成高分子聚合物的功能和多糖与阳离子静电引力决定的，当内毒素分子的聚集增加，内毒素的鲎反应性和热原性都显著下降，通常检品中离子强度的较大提高会引起内毒素的聚集和回收率降低。
内毒素稀释液贮存一段时间后会被破坏而失活，即使经充分的旋涡混合也不能恢复，其中可能有多种干扰因素，但容器效应是其中一个因素。
容器效应与接触内毒素稀释液的容器材质有关，主要表现管壁对内毒素的吸附，聚丙烯材质还会对脂多糖复合物( LPS)产生深度抑制。血液透析器上存在鲎试验反应物质(LAL-Reactive Ma-terial ,LAL-RM )，凡经过铜铵人造丝透析膜的制品，均存在使鲎试验阳性，但不是内毒素的物质。
另外稀释管洗涤后残留的洗涤剂，也会形成微室，影响内毒素的分散。由于热原是G¯菌细胞壁的内毒素，是含有膦酸链的脂多糖，普遍存在于自然水和自来水中，所有器具的处理是否恰当，直接影响试验结果。用清洁液浸泡处理过的器具与未用清洁液处理的器具用鲎法检测内毒素的结果差异明显，用清洁液处理的器具可除去一些外源性内毒素，未用清洁液处理的器具虽然也经过干烤灭活，但器具上吸附着的细菌死亡后也可释放出内毒素，造成鲎试验假阳性反应结果。
鲎试剂中含有保持灵敏度而必需的单价和二价离子，其中二价离子对鲎反应和内毒素分散都起着重要作用，Ca2+ 、Mg2+离子浓度的不适宜会抑制或增强鲎反应，但许多原因都会引起二价离子的不充足，从而抑制鲎试剂与内毒素反应的能力，比如某些药物中，常加入有机络合剂用来络合重金属离子起稳定作用，肝素钠、柠檬酸钠等抗凝剂都会络合钙离子抑制鲎试验。
凝胶现象是基于一系列丝氨酸蛋白酶的酶促放大作用产生的，丝氨酸蛋白酶可以被氧化剂、抗氧化剂、蛋白水解剂或专一失活剂所灭活，这些都会引起抑制，乙醇对蛋白质有变性作用，因而要限制其在样品中含量。
鲎试剂与内毒素和葡聚糖可以共同反应，且存在内毒素与葡聚糖共同作用时，鲎试剂的凝胶反应比对单一物质作用更迅速、更剧烈。这些葡聚糖等物质并不象内毒素一样具有致热性，迄今为止的研究未表明其对人体有害，但一旦受到葡聚糖的轻微污染，就使得一些药品虽然内毒素含量并未超过规定限值，也会使内毒素检查呈现”假阳性”，易被误判为不合格。
含糖大输液与普通鲎试剂的凝胶试验呈较高的阳性反应，而且糖浓度越高、装量越大，阳性反应率越高，叶良君等认为葡萄糖原料中含有微量的(1-3)-B-D-葡聚糖，以及输液的制备工艺，如制水时自来水和过滤时中性滤纸与微孔混合纤维素膜带入的(1-3)-B-D-葡聚糖及其类似物的污染，通过β-葡聚糖激活普通鲎试剂中的G因子而发生旁路反应，引起凝集反应而出现假阳性结果。含有丝氢酸蛋白酶的生物制品也会产生类似内毒素的鲎反应，胰酶在一定条件下就具有反应性，加热处理可灭活胰酶，然后再作鲎试验分析能真正消除这种"假阳性”反应。
