多功能微孔板检测仪光源灯发出的光线经过滤光片或单色器后，成为一束单色光束。该单色光束经过塑料微孔板中的待测标本，被标本吸收掉一部分后，到达光电检测器。光电检测器将投射到其上面的光信号的强弱变成电信号的大小。此电信号经前置放大、对数放大、模数转换等模拟信号处理后，送入微处理器进行数据处理和计算。最后由显示器和打印机将测试结果显示、打印出来。
由酶联免疫吸附实验法可知，多功能微孔板检测仪是应用比色法来分析抗原或抗体的含量，对照比色原理进行工作。实际上，它是一台变相的光电比色计或分光光度计，其基本工作原理与主要结构和光电比色计几乎相同。
多功能微孔板检测仪的性能特点：
1.久经考验的可靠性能，源于内置的自我诊断程序。在仪器的启动阶段，内置的自诊断程序会对包括微孔板的位置、光路部件的稳定性(光源、滤光片)等多方面的性能做全面的检测。
2.大屏幕的彩色液晶显示和操作键盘，易于使用。3个常用的快捷键可用于储存3个常用的程序。数据和程序可保存在仪器内，也可通过仪器自带的USB接口，储存在U盘上。
3.功能强大的内部软件，有包括中文在内的多种界面语言可选。功能包括：设置微孔板布局(包括空白、标准品、待测样品、质控品等)，显示检测结果，进行数据处理(包括动力学分析，数据预处理，曲线拟合，数据分类，质控等)。此外，FC也可以使用功能强大的SkanIt软件进行仪器的控制和数据结果的处理。
4.多功能微孔板检测仪标配振荡器，可选配孵育器，可满足对检测温度有严格要求的实验需求。
