环氧乙烷灭菌箱由于环氧乙烷易燃、易爆，且对人有毒，所以必须在密闭的环氧乙烷灭菌器内进行。目前使用的环氧乙烷灭菌箱种类很多，大型的容器有数十立方米，中等的有1～10立方米，小型的有零点几至1立方米。它们各有不同的用途。
大型环氧乙烷灭菌器：
一般用于大量处理物品的灭菌，用药量为0.8kg/m³～1.2kg/m³，在55℃～60℃下作用6h。
特点：
①环氧乙烷可用于不耐高温、不耐湿物品的灭菌。
②环氧乙烷被认为是一种灭菌效果很好的化学灭菌剂，可杀灭所有微生物包含细菌芽胞。
③穿透性强，可用以各种难通透部位的灭菌：如有些较细、较长的导管用其他低温灭菌方法很难达到灭菌效果，而只能用环氧乙烷或辐照。
④对物品损坏小，因为环氧乙烷杀灭微生物是利用烷基化原理而非氧化过程，因此对物品损坏非常小，对不耐热精密仪器灭菌有着非常广泛的用处。
⑤灭菌时，能够用各种包裹材料包裹，便于贮存、运送，翻开包裹即可运用避免了交叉污染的危险。
⑥有规范的化学、生物监测手段，从而能够有效地控制灭菌质量，及时发现灭菌失利的包裹。
⑦有几十年的运用经历。
