对于中药的鉴别目前使用的方法较多，每种方法都有其特点和操作方法，鉴别方法也有针对的中药和范围，在操作起来会显得过程繁琐。中药指纹图谱可以全面的反应中药中化学成分和特征。而到中药的真伪未知时可以通过中药指纹图谱进行鉴别和区分。
非法染色是近年来曝光较多的中药掺伪行为，染色中药以次充好，不仅影响了中药临床疗效，而且对患者健康带来潜在危害。色素可分为天然色素和人工合成色素，部分合成色素具有致敏性和癌诱变性。因此中药染色已严重影响中药安全，需要加强监管和执法。
目前国家颁布的一系列药品检验补充检验方法主要针对10 余种单味药材采用薄层色谱法( TLC) 和高效液相法( HPLC) 检测1 ～ 5种色素。继国家相关检验标准公布后，中药染色出现了新的变化，具有规避标准规定色素品种、多种色素配色染色等趋势。
越来越多的研究者采用薄层、高效液相色谱、液相三重四级杆串联质谱、UHPLC-QTOF 建立了中药中多达数十种常见染色色素系列定性、定量检测方法，依色素性质，分别采用溶剂提取、固相萃取等前处理方法，采用UPLC-QTOF等方法 进行测定。建立的方法覆盖色素品种多，适用于多种中药品种，具备高通量、准确等特点，为中药染色检测提供了急需的参考方法。
糖皮质激素是由肾上腺皮质最中层束状带分泌的一种代谢调节激素，具有调节糖、脂肪和蛋白质的生物合成和代谢的作用，临床上应用于内分泌代谢病、感染性疾病、血液病、心血管疾病、风湿免疫病、呼吸疾病等的治疗。但不适当的使用可导致多种不良反应，引起代谢紊乱。一些中药制剂中非法添加糖皮质激素，使患者短期内病情得到改善，但会对健康造成严重威胁。
目前，检测药品和保健品中糖皮质激素的方法主要有TLC 法、HPLC 法、LC-MS /MS 法、UPLC-MS /MS 法或几种方法的联用，检测的添加剂种类都在20 种左右。
随着中药在国际上的广泛应用，其有效性、安全性和制药工艺过程质量稳定性等问题引起了专家学者的广泛关注。中药质量控制一直是中药研究与生产的难点和热点，也是实现中药现代化的重要基础和关键。中药指纹图谱是指中药经适当处理后，采用现代科学分析手段，得到的能够标示该中药化学特性的共有图形( 图像) 的图谱。近年来，中药指纹图谱在中药质量控制方面得到了广泛应用，成为一种能为国内外广泛接受的中药质量评价模式，符合中药多数以复方和多成分给药的特点，能较好地评价中药及其制药过程的真实性、稳定性和一致性。
现有以单一的化学成分变化来控制中药制药的过程，难以体现中药制药过程中化学成分的整体变化，也很难保证中药药效物质基础的稳定传递。采用多指标成分含量测定和色谱指纹图谱技术的控制模式，可对中药制药过程进行精确的全程控制，有效保证中药的有效性和稳定性，将成为中药质控的重要手段，具有良好的应用前景。
中药质量标准的不完善是阻碍中药产业走向现代化与国际化的障碍。中药质量控制模式研究从最初依靠简单的外观性状观察和显微鉴别，到具有专属性薄层定性鉴别和内在成分的定量检测方向发展。
研究者早期将薄层色谱引入中药鉴定，因其具有快速、简便等优点而被广泛使用。高效液相色谱(HPLC)、气相色谱(GC)、质谱(MS)等方法及各种方法的联用也被广泛应用于中药质量标准的研究。指纹图谱与有效成分定量测定的结合、指纹图谱与药效关系的研究也推动了中药质量标准研究的发展。在定量指标方面，由测定单一成分向测定多种成分发展。目前，刘昌孝院士提出了质量标志物的概念，为中药质量控制的研究提出了新要求。液相色谱法在中药的质量控制中已经被广泛使用，具有操作简单、快速、高效、高灵敏度的特点，并且对于挥发性低、热稳定性差、相对分子质量大的高分子化合物以及离子型化合物尤为适合。
在线二维液相色谱技术在中药研究中的应用进展
中药化学成分是中药药效的物质基础，但往往一味中药就囊括了从极性到非极性、从小分子到大分子的多种化合物，其组成极为复杂。因此，对中药化学成分进行全面、快速地表征一直是中药分析研究的热点与难点，也是研究和阐明中药药效物质基础的先决条件。在现代中药研究中，色谱技术尤其是液相色谱(LC)作为常用的分离、分析手段扮演着不可替代的角色。多维液相色谱的建立和运用也为中药物质基础表征和活性成分筛选提供了新技术。
在线二维液相色谱因峰容量高、分离效率好而受到众多研究者的青睐。近年来，在线二维液相色谱被广泛地应用于多个研究领域中复杂样品的分析。在线二维液相法在中药中的应用显著地提高了中药化学成分分析和识别的效率，为后续药效物质基础、作用机制和质量评价研究奠定了良好基础。
超高效液相色谱法在中药分析中的应用
近年来，随着超高效液相色谱 的兴起，及其与指纹图谱技术的迅速融合， 超高效液相色谱指纹图谱技术在中药质量评价中显示出*的优势。有研究对比了土茯苓药材的UHPLC和HPLC指纹图谱， 发现UHPLC在10 min 内完成的谱峰，HPLC需要75 min才能完成， 说明UPLC的分析效率更高，可显著缩短分析时间，减少流动相的消耗;UHPLC可检测更微量的样品，进样量为1∶20 时，色谱峰高基本一致， 说明UHPLC的色谱分离效果更好、灵敏度更高;UHPLC的洗脱条件比HPLC的变化更简单，色谱峰的漂移时间较短，在指纹图谱软件中色谱峰易于匹配。相关质控技术已成功应用于复方丹参滴丸，并被2010 年版《中国药典》收载。
