色谱柱的流向不能改变色谱柱前后端的填料及填装工艺都是一样的，标示方向的目的就是让我们在使用中记住流动相从哪个方向流入色谱柱，那么这个流入段就是先污染端。这样就为我们日后维护或再生色谱柱做了准备，而我们需要遵循这个规定应该在色谱柱开始做样后。
色谱柱的说明书定要看清楚色谱柱内保存着什么溶剂定要看清楚，因此色谱柱的说明书定要看清楚，当然也包括说明书上建议的维护保养规定，对我们有用。对于反相柱来说，溶剂基本就是乙腈或甲醇。但正相柱就不同了，因为正相柱除了可以适用正相系统，也可以适用反相系统，因此定要看清楚，对于你的方法来说是否需要置换色谱柱内保存溶剂。一般色谱柱不能反冲，只有色谱柱使用说明书上标明该柱可反冲才可以反冲除去留在柱头上的杂质。否则，反冲色谱柱的影响是迅降柱效。
色谱柱使用完成之后须使用相宜溶剂进行清洁处理色谱柱使用完成之后须使用相宜溶剂进行清洁处理，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线平衡；当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗；含卤族 元素（氟、氯、溴）的化合物可能会腐蚀不锈钢管道，不宜长期与之接触；色谱柱如不经常使用，应每隔4-5天开机冲洗15分钟。使用强溶剂冲洗色谱柱对内填料的害是大的，尤是纯水，除的色谱柱是耐水的。冲洗色谱柱好的方法是用流动相比例的水系和有机系来冲洗。如果你认为流动相比例无法把色谱柱冲洗干净或者此比例中有机系占有比例过大，你可以使用内含10%左右的纯水来冲洗。
保存在乙腈或甲醇中的新色谱柱可以直接使用，因保存的有机系具有挥发性，因此在使用前还是应该用小流速的和色谱柱内相同的溶剂冲洗一些时间。可以是0.5ml/min，120min，但建议咨询厂家，根据色谱柱参数设定。
色谱柱应该保存在纯乙腈或甲醇中，保存色谱柱时应将柱内充满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防溶剂挥发干燥。禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或长时间。
