聚合物基质液相色谱柱在流动相发生变化时都会出现膨胀或收缩。用于HPLC的高交联度聚合物填料，其膨胀和收缩要有限制。溶剂或小分子容易渗入基质中，因为小分子在基质中的传质比在陶瓷性基质中慢，所以造成小分子在这种基质中柱效低。对于大分子像蛋白质或合成的高聚物，效能比得上陶瓷性基质。因此，广泛用于分离大分子物质。
聚合物基质液相色谱柱选择的条件：
A含碳量
含碳量指的是硅胶表面键合相的比例，与比表面积和键合覆盖度等有关。高含碳量进步柱容量、分辨率及分析时间，用于要求高分离度的复杂样品；低含碳量分析时间短、展现不同的选择性，用于快速分析简单样品及需要高含水活动相条件的样品。
B孔径和比表面积
吸附介质是多孔的颗粒，尽大多数的反应表面于孔内。因此，分子必须进进孔内才能被吸附和分离。
孔径和比表面积是相辅相成的两个概念。孔径小比表面积大，反之亦然。比表面积大，增加样品与键合相之间的反应，增加保存，上样量和复杂成分的分离度；比表面积小，平衡时间快，适合梯度分析。
C颗粒粒径
粒径越小柱效越高、分离度越高，但同时会导致较高柱压降。
D填料基质
1、硅胶基质：纯度高本钱低，强度大，化学修饰轻易，但pH值范围有限。大多硅胶基质填料在pH2-8之间稳定，但经过特殊修饰的硅胶键合相可以稳定在一定范围内。
2、聚合物基质：应用pH值范围宽，温度稳定，机械强度小。
B颗粒外形
填料都是球形颗粒，但有时是不规则的颗粒。球形颗粒提供较低的柱压、较高的柱效和稳定性以及较长的柱寿命在使用高粘度的活动相时；不规则颗粒有较大比表面积和相对低廉的价格。
