选择好成像系统后，配套的软件选择也很重要。硬件设备再好，如果不配上好的软件，也无法发挥它应有的功能。作为凝胶成像系统软件功能和用途都基本相似，这里我们介绍一下关注的几个特点：
A、软件的基本功能：可对不同样品，如条带，斑点，细*菌克隆，芯片，细胞或者活体动物等，进行定性、定量分析，加批注，输出图像等操作。
B、图像采集方式：对于化学发光或多色荧光产品，软件应具备电影模式，可以进行图像多祯累计功能来增强线性动态范围和数据准确度。
C、操作简便，软件应具备操作辅助工具，使软件操作更简单易用。采用三步式泳道及条带分析，可以快速计算蛋白质和核酸的分子量及含量。
D、数据库功能也是不可少的，这样可以检索、分类或比较所有生成的图像。可利用不同的显示算法程序图像化显示条带差异。
E、曝光方式：应采用单一曝光、多重曝光，累计曝光，延时(定时)曝光多种模式可选。
F、记忆功能：软件能记忆并自动调用成像数据，这样你不用每次设置就能获得重复性好的结果。
G、软件应配备两套以上，使用单机版，多用户版或网络版，用户可彼此独立操作，互不干扰，互不混淆。
