在选用色谱柱时，应充分考虑所分析样品的极性大小、化合物的种类数量、结构特征。根据化合物的性质，选择合适的色谱柱和分析条件。不同类型的色谱柱使用的流动相不同，使用错误的流动相会降低柱效，损伤柱子。如分析极性较大的多糖类成分，应当采用亲水性的反相填料。对于*次使用的色谱柱，还应按照厂家的出厂说明对色谱柱进行低流速的冲洗活化，活化后的色谱填料共价键键合力增强，柱效提高，寿命延长。
在使用液相色谱C18仪柱过程中，须注意以下事项：
1、新C18色谱柱在使用前，须先用甲醇或乙腈试剂以20倍柱体积低流速冲洗，作用是使固定相能充分润湿、碳链舒展，使色谱柱的性能达到好状态。具体操作是，将配制好65%的乙腈/水冲洗后，把色谱柱进口端连接在色谱仪上，出口端放空（不可连上检测器，以免污染了检测器），以0.1ml/min~0.5ml/min的低流速将色谱柱中的清稀溶液吹干，过20分钟后再接上检测器，以1.0ml/min的流速，继续冲洗2~8小时；
2、液相色谱仪检测分析样品完毕后，须冲洗色谱柱。尤其是流动相中含有酸或盐时，需将色谱柱中的酸或盐冲洗干净，通常建议用10%甲醇水冲洗20倍柱体积；
3、若色谱柱处于长期闲置状态时，要将色谱柱冲洗，建议冲洗3-4小时以上，后保存在纯有机试剂或高比例的有机试剂溶液（如90%甲醇水）中；
4、由于C18柱的固定相疏水性较强，在使用过程中尽量不要使用高水相条件，若水相比例过高易引起固定相疏水塌陷，引起柱效迅速下降，甚至造成不可逆的负面影响；由于碳载量高，表现尤为明显，建议使用过程中水相比例不超过90%；
5、色谱柱压力升高、柱性能下降：通常为色谱柱被污染，对色谱柱进行再生处理可恢复部分柱效；
6、色谱柱压力骤升：通常由盐析出或筛板堵塞引起，若是盐析出，用10%甲醇水低流速冲?洗至压力恢复即可；若判断并非盐析出，以纯甲醇或10%甲醇水为流动相反冲色谱柱（将色谱柱反接，不接检测器），若反冲半小时仍无效果则说明反冲无效，需寻找其他原因。 
