蛋白层析纯化系统是一种根据分子大小从混合物中分离蛋白质的方法。不同蛋白的形状及分子大小存在差异，在混合物通过含有填充颗粒的层析柱时，由于各种蛋白的分子大小不同，扩散进入特定大小孔径颗粒内的能力也各异，大的蛋白分子会被先洗脱出来，分子越小，越晚洗脱，从而达到分离蛋白的目的。一般来说，层析柱越细、越长纯化的效果越好。能纯化的蛋白分子量范围很宽，纯化过程中也不需要能引起蛋白变性的有机溶剂。
蛋白层析纯化系统建立蛋白质纯化工艺时，重要的是需要考虑纯化得到的蛋白质应能满足其后续应用要求。蛋白质的数量及纯度都必须满足实验分析要求。而且，因为后续研究需要的是保持良好折叠结构的活性蛋白质，因此蛋白质行为的相关信息也需要考虑。
在纯化及后续的保存过程中，很多处理方法都会对蛋白质的性质产生影响，如蛋白质的去折叠、聚集、降解和失活等。
制定详细计划，在较短时间内完成蛋白质纯化，并在稳定的条件下进行保存才算是成功地完成了其整个纯化过程。
蛋白层析纯化系统遵循的基本原则：
1.待纯化无料样品的来源，目的蛋白的理化性质要充分了解熟悉（基本包括分子量、PI、主要杂蛋白来源等）；
2.纯化工艺设计时要明确纯化所要达到的期望目标目标；
3.依据所要达到的期望目标，对纯度，回收率，活性、实验成本等因素合理取舍，设计科学合理的纯化工艺；
4.熟悉蛋白纯化过程的各种常用添加剂的性能和作用，合理的添加使用，可以是纯化工艺事半功倍。
