水质原子荧光光谱仪中所产生的不确定因素有很多，其中包括测量仪器不够精密、环境条件的干扰、人员操作不当等等，从而使实验室间的测量结果具有可比性。在上述引起不确定性的因素当中，绝大多数都是由于在检测实验操作过程中产生的误差所引起的，通常情况下与方法的固有偏差无关。
偏差整体控制与影响结果方法参数的控制有着密切的关系。同时从各个不确定度分量对测量不确定度大小的对比来看，含量测定不确定度的主要因素是测量试液中砷元素含量与重复性引发的不确定度。所以，在日常测量过程中，我们必须随时调整仪器，保证试验中实验仪器的良好性，以避免或减少以上所述的不确定度分量。
计算不确定度分量大致可分为随机变化估计、回收不确定度估计、总性能研究的不确定度等。由于称量过程而引起的不确定度，实验时，我们将天平的灵敏度进行调整，测量的可能值区间为半个区间，由误差引起不确定度。重复称量引起的不确定度，实验时将砝码放在天平上反复称量，观察变动性标准差引入标准不确定度。
在使用比色管定容消化液时也可能产生不确定度，比色管和溶液温度与校正时的温度不同同样会引起检测体积的不确定度。使用比色管引起不确定度时，包括标准不确定度和相对不确定度，温度引起的误差不确定度与重复测量引起的误差不确定度。但在实验时我们常常会忽略稀释对不确定度的影响。在实际使用水质原子荧光光谱仪测量时，仪器自校准是保证其检测质量的一项重要手段。
水质原子荧光光谱仪经常使用时，如果不好好维护，还是容易出现故障的，其各个部件的维护方法如下：
1、火焰原子化器的维护火焰原子化器的维护与原子吸收分光光度计相同，要保证雾室的废液畅通无阻，才能点火。点火的顺序是先开启助燃气后开启燃气，熄灭的顺序是先关闭燃气，待火熄灭后再关闭助燃气。如果发生“回火”事故，应迅速关闭燃气，然后关闭助燃气。
2、石墨炉原子化器的维护石墨炉原子化器的维护，主要为通冷却水进行冷却，避免把石墨炉原子化器烧坏。
3、空心阴极灯的维护不要用硬物撞击空心阴极灯，换灯时，要穿戴纱手套；热的灯管要防止被溶液溅射；一旦石英窗口被污染，要用脱脂棉蘸无水乙醇擦拭干净。
4、供气管道的维护与检漏供气管道要经常检查、检漏。如果发现管道老化发硬变黑，要及时更新；如果有漏气现象应采取堵漏措施。
5、燃烧器的维护如果发现燃烧器的火焰分叉，应马上熄灭火焰，采用刀片等适当工具把缝口的积盐等污染物除去，或把燃烧器取下用水冲洗排除污物。
6、雾化器的金属毛细管的维护与检修当雾化器的金属毛细管被堵塞时，可用洗耳球从出样口吹气，排除堵塞物，或用较软的金属细丝进行疏通。
7、ICP原子化器的维护ICP原子化器的各种炬管多为玻璃材料制成，容易破碎和堵塞，所以要小心使用，不要碰击硬物或摔碎。如果被样品残留物堵塞，可以用酸洗或溶剂清洗。
