细胞污染一般可分为微生物污染和真核生物污染。其中微生物污染包括真菌和酵母、细菌、支原体等。而真核生物一般是细胞系间的交叉污染。
细菌、真菌或酵母的污染很容易辨识，直接可通过培养基颜色变化、显微镜下观察便可判断。如细菌污染后细胞培养基变黄色，而且镜下有小黑点，且有规律的运动。而酵母污染后培养基变紫色，镜下可见透明、且连成一串的圆形。但如果是支原体污染的话，由于最开始支原体生长缓慢，而且显微镜下难以看出，因此很难发现。
真核细胞污染是指一种细胞污染了另外一种细胞，主要发生在操作不当，尤其是长时间进行某些细胞系的研究而传代时。目前越来越多的科研人员发现了细胞间污染这一被忽略的问题。据不*统计，约有 15-20% 的细胞存在细胞间污染。
如何应对常见的细胞污染？
1)细菌污染：
细菌是一种原核细胞微生物，其大小以微米(μm)计。常见的污染细菌有革兰氏阴性菌和大肠杆菌、假单胞菌等，革兰氏阴性菌中白色葡萄球菌等比较常见。
遇到细菌污染，基本原则是马上扔掉细胞，不要扩大污染。如果你的细胞真的十分宝贵，先用带有双抗的PBS反复冲洗几遍，然后再培养液中加入硫酸庆大霉素、新霉素(50ug/ml)等，培养3天后换成带有双抗的培养液培养。
2)真菌污染：
是细胞培养过程中常见的一种，尤其在梅雨季节进行细胞培养更易污染。污染培养细胞的多为烟曲霉、黑曲霉、毛霉菌、孢子霉、白念珠菌、酵母菌等。霉菌污染后多数在培养液中形成白色或浅黄色漂浮物。
建议预防为主，在培养箱的水中加入硫酸铜。
3)支原体污染：
支原体是一种大小介于细菌和病毒之间(最小直径0.2um)并独立生活的微生物，支原体形态多变，在光境下不易看清内部结构。
支原体污染细胞后，培养液可不发生混浊。多数情况下细胞病理变化轻微或不显著，细微变化也可由于传代、换液而缓解，因此易被忽视。但个别严重者，可致细胞增殖缓慢，甚至从培养器皿脱落。
