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根系扫描仪主要用于研究植物根系。植物根系是植物的重要器官之一。它不仅是固定植物、让植物自由生长的基础，也是吸收养分和水分的重要器官。因此，植物根系的质量对植物的影响很大。在许多研究工作中，人们需要使用根扫描仪来观察根的异同。

根系不仅是吸收养分和水分的器官，还能感知土壤养分状况产生的化学信号，并将这些信号传递到地上，从而控制地上器官的生理活动，如气孔开闭、叶片展开、果实发育等。因此，建立和维持健康的根系对地上部、叶片和果实的正常发育至关重要。常规施肥措施虽然可以给植物提供养分，但只有根系“知道”自己需要什么养分，需要多少，什么时候需要，并主动帮助。

根系扫描仪可以自动测量每个直径段的长度、投影面积、表面积、体积和分布参数。因此，它深受农业植物研究人员的喜爱。根据成像方法的不同，根系扫描仪可分为原位根系图像分析仪和洗根后根系图像分析仪。一般要求分析长度、直径、面积、体积、根尖数、分叉数、过根数等。