常用的计数方法主要有手工计数(如利用改良牛鲍计数板)和细胞计数仪计数(经费充裕组常备)。从原理来说，这两种方法基本类似，大致是通过台盼兰或者荧光染料染色后，用肉眼或者用摄像机拍照后进行计数，差别就是前者人累，且精准度和稳定性较差；后者不累人，且精准度和稳定性较好。
单细胞测序实验的第一步是单细胞悬液的制备，而悬液制备中细胞计数的准确性直接影响单细胞测序的数据质量。
1. 计数板
用96%酒精冲洗计数板后，用干净鹿皮擦净，另擦净盖片一张；把盖片覆在计数板上面，使之微微移向一侧，露出计数板台面少许，以便滴加细胞悬液；
2. 染色
取吸管1 支，伸入培养瓶中，轻轻反复吹打细胞悬液使细胞重悬均匀后，立即吸细胞悬液少许，向另一离心管中滴入细胞悬液9 滴，再滴入台盼蓝染液1 滴，混匀，置2~3 分种；
3. 加悬液
把计数板平放在显微镜台上，立即从计数板边缘轻轻滴1~2 滴已染色的细胞悬液，使之充满计数板和盖片间空隙中；
4. 镜检
镜下观察可见细胞分散各处，健康细胞胞体完整，透明不着色，凡着色细胞均为不健康者。计算四角大方格内的细胞数；压中线者只计算左线和上线者，右线和下线不计算在内(即仅计算压两个边的细胞)。
5. 接种培养
通过计数测知悬液中细胞数后，可根据实验所需细胞数量向培养容器中接种。细胞接种数量随实验目的、血清含量和细胞生物性状而定；一般接种量在1~10x105细胞/毫升范围，实验周期短，希望细胞增殖较快时，接种量可大些。用含血清量大的培养液培养胚胎来源细胞、无限细胞系和恶性细胞系时，细胞接种数量不宜太大。
