氦离子化色谱仪的衍生化主要是为了提高目的物的可检测性。对于气相色谱，主要是为了增强目的物的挥发性或改善目的物的极性。对于液相色谱仪，主要是为了提高检测器对目的物的响应。
对含有未知组分的样品，首先必须将其分离，然后才能对有关组分进行进一步的分析。混合物的分离是基于组分的物理化学性质的差异，主要是利用物质的沸点、极性及吸附性质的差异来实现混合物的分离。
待分析样品在汽化室汽化后被惰性气体(即载气，一般是N2、He等)带入氦离子化色谱仪色谱柱，由于样品中各组分的沸点、极性或吸附性能不同，每种组分都倾向于在流动相和固定相之间形成分配或吸附平衡。
氦离子化色谱仪是高效液相色谱的一种，是用来分析阴阳离子的色谱方法下面是氦离子化色谱仪在使用前须了解下面这些事项：
1、流动相瓶中滤头要注意始终处于液面以下，防止将溶液吸干。
2、启动泵前观察从流动相瓶到泵之间的管路中是否有气泡，如果有则应将其排除。
排除方法如下：先将与泵相连的塑料流路接头拧下来，用洗耳球吸满去离子水，从与泵段相连的流路管中注入，将流路管中的气泡排除干净。然后再将流动相瓶(一般为去离子水瓶)抬高，再将流路接头与泵连接好。启动泵，打开泵内排气阀选钮，将泵内气泡排除干净，一般观察为流出液比较均匀，再将泵排气阀拧紧。(注意：此项操作时，整个流路是与色谱柱断开的)
3、用去离子水或流动相清洗整个流路时，可以采用大流量清洗(一般可将流量设置为2.0ml/min，但不能再太大)以缩短清洗时间，但在通流动相接色谱柱时需要将流量调整为色谱柱使用流量条件。
